1995年,惊奇队长为克里人战斗了近6年之后意外回到地球,在其身世大白之后成功挫败克里人的入侵并在隐形战舰中找到宇宙魔方。宇宙魔方在被噬元兽吞噬之后又吐在尼克·弗瑞的办公桌上,宇宙魔方重新落入神盾局之手。由于发现有外星人对地球存在威胁,尼克·弗瑞开始筹划招募能人异士组建复仇者联盟保卫地球。惊奇队长为了帮助斯库鲁人寻找新家园而在宇宙中四处遨游。
1999年,托尼·斯塔克在瑞士伯尔尼参加了一个大型的派对。在这个派对上他遇到了两个在后面对他人生来说非常重要的人:玛雅·汉森以及阿尔德里奇·基利安,这两人日后合作研发的绝境病毒让托尼·斯塔克吃了不少的苦头。
2005年,因为“超级士兵计划”诞生了美国队长,所以多年来美国一直在进行相关的实验,钢铁侠的父亲就是因此遇害。罗斯将军不断向其首席科学家布鲁斯·班纳施压,希望他能够尽早实现“超级士兵计划”。迫于压力,布鲁斯·班纳博士亲自参与实验,结果被暴露在过量的伽玛射线当中导致突变,绿巨人浩克诞生。身陷恐惧当中的班纳选择了逃走,他逃出了美国,在周边各个国家中不断迁移以躲避追捕。
2010年,托尼·斯塔克在一次前往阿富汗考察的过程当中,奥巴代亚·斯坦尼联合十戒帮妄图炸死托尼·斯塔克。在十戒帮的眼皮底下,他以制作武器的名义偷偷的打造出了低配版的迷你方舟反应堆以及钢铁侠战甲的原型机——马克1型,从而逃出生天。在解决了奥巴代亚·斯坦尼的第二天,托尼·斯塔克向全天下宣布“我就是钢铁侠”。
2011年,发现自己父亲研究成果被窃取的伊凡·万科(Ivan Vanko)决定给钢铁侠个好看。另一边,钢铁侠因为方舟反应堆当中的钯元素在身体中堆积导致身体状况越来越差,原本就玩世不恭的钢铁侠变得更加变本加厉,斯塔克工业的对手也盯上了这个机会。尼克·弗瑞将黑寡妇派到托尼·斯塔克身边来监控他的状况。最终钢铁侠在尼克·弗瑞的帮助下合成了一种用来替代钯元素的新元素,这种新元素没有钯元素的毒性,这样他的身体状况就不会再出现问题,并在黑寡妇和战争机器的帮助下击败了伊凡·万科和贾斯丁·汉默。
同年,简·福斯特在墨西哥观察天象的时候意外的捡到一个从天而降的男人——雷神索尔。原来索尔因为擅自发起针对冰霜巨人的行动被奥丁驱逐到地球并在雷神之锤上下了禁制。一直想要取代索尔的
洛基利用这个机会偷偷让毁灭者来到地球杀死索尔。索尔击败了毁灭者回到阿斯加德打败了洛基并摧毁了彩虹桥,洛基从彩虹桥断裂处掉入宇宙深渊。
同年,罗斯将军从未放弃过“超级士兵计划”,在布鲁斯·班纳失踪之后他一直想要得到班纳的血液样本。经历千辛万苦之后,罗斯将军让参与过追捕绿巨人的埃米尔·布隆斯基参与了实验并创造出了一位更加强大的战士(憎恶)。不过憎恶显然并不听话,绿巨人不得已现身与之在曼哈顿大战并最终击败了他,随后再次逃亡。
同年,冰封近70年的美国队长被找到。同时,尼克·弗瑞让手下的科学家开始研究宇宙魔方。
2012年,再次被激活的宇宙魔方引起了灭霸的注意,他赐给洛基心灵权杖(心灵宝石)进攻地球并夺取宇宙魔方(空间宝石)。地球面临前所未有的威胁,于是神盾局局长尼克·弗瑞启动了复仇者联盟计划,他说服了钢铁侠,并让黑寡妇找来了布鲁斯·班纳,再加上鹰眼、美国队长以及索尔,第一代复仇者联盟成员全部就位。
世界闻名的纽约大战爆发,最终复仇者们战胜了洛基以及他率领的齐塔瑞人军队,高级探员科尔森在这次战斗当中阵亡。洛基被索尔带回阿斯加德接受审判,宇宙魔方也被带回阿斯加德收藏在奥丁宝库中,心灵权杖则被留在了神盾局。隐藏在神盾局的九头蛇卧底大显身手,将权杖偷走并送到位于索科维亚的九头蛇秘密基地当中进行研究。
同年,玛雅·汉森以及阿尔德里奇·基利安研发出了绝境病毒以对付钢铁侠,在小辣椒和战争机器的帮助下,钢铁侠战胜了绝境病毒。
2013年,黑暗精灵从沉睡中苏醒。索尔的女朋友简·福斯特意外掉入时空裂隙来到了封印以太粒子(现实宝石)的地方,好奇之下她用手触摸以太结果将其吸收。雷神回到地球将简·福斯特带回阿斯加德希望可以治好她。阿斯加德的技术条件无法将以太从简·福斯特体内取出,于是索尔与洛基定了一条计策,忽悠黑暗精灵之主玛勒基斯从简·福斯特体内取出了以太,随后一场大战洛基又一次战死(还是假死)。得到以太的黑暗精灵想要毁灭地球,最终索尔在以简·福斯特为首的地球科学家的帮助下击败了玛勒基斯,得到了以太。
假死的洛基在雷神与黑暗精灵大战的时候回到阿斯加德将奥丁驱逐到了地球,当然,这一切索尔并不知情。同时,因为阿斯加德已经保管着宇宙魔方(空间宝石),两颗宝石放在一起太危险,所以他们将以太(现实宝石)送到了虚无之地的收藏家那里保管。