1926年国民革命军北伐,孙元良升任为国民革命军第一军第一师第一团团长,当时方才23岁。[8] 蒋介石的嫡系第1军第1师和程潜的第3军攻打江西的孙传芳。第1军贪功冒进,贸然攻打南昌。侥幸得手后不思巩固战果,反而大肆寻欢作乐。结果孙传芳部连夜反击时,第1师师长王柏龄正在窑姐的床上,党代表缪斌也临阵脱逃。结果第1师一败涂地,南昌得而复失,王柏龄和缪斌遁逃避祸。北伐军损失惨重,不支后撤,双方激战于南昌最早的火车站—牛行车站,孙元良与李良荣陷入苦战当中,李良荣足部中弹负伤,在最危急时,孙元良亲自率领少数官兵,据守方围二十多米的土堤,和敌人白刃对战两个多小时。但因孙传芳部兵力雄厚,北伐军再度退却至万寿宫,并受到敌人机枪、炮兵的猛袭,态势危急,前线乃决定暂时撤退到奉新后方的罗坊、上富一带集结。第一师代理师长王俊,于9月27日命令由孙元良部接替奉新一带的警戒任务,当中规定,如遇敌人大部队进袭,则勿与敌决战,撤回主阵地。9月28日,孙元良得到侦探报告,有敌三、四百名向奉新前进,后续并可能有大部队跟进,于是决定按照前令后撤。结果情报不确,敌军并未真的如预想发动攻势,孙元良因为撤退之举,被代理师长王俊按「不遵命令,弃城辱职」定罪,报请前来督战的蒋介石将其枪决,以儆效尤。蒋介石大为光火,自责用人不当,计划多疏,王柏龄未准确判断敌军主力、地图不准确、王俊指挥失当,不侦察敌情,又不联络友军。在此过程当中,王俊显然将孙元良的奉命而退,解释为擅自退却。在大敌当前,准备反攻之际, 蒋又不能将高级人员全部撤换,孙元良于是被推到了风口浪尖, 蒋介石在次日对第一团官兵训话时,痛斥孙元良:现在打下了南昌又退回来,都是因为第一师第一团孙团长,没有命令,怕死退下来了,所以有这一次的失败,孙团长犯了我们革命军的连坐法,我要把他枪毙,你们各位官长士兵,要晓得军法是不容情的,若是犯了连坐法,无论那一个,都要依法枪毙的。蒋介石气急败坏,立即召集第1师训话,声色俱厉,杀气腾腾:“这次打仗,第1团团长孙元良没有得到命令便退却,应照革命军的连坐法来枪毙。这次失败,是我们革命军最不荣誉的一件事,也是北伐史上最耻辱的一页,倘使第1师不退下来的时候,我们的战事,一定不会失败;所以孙团长没有命令擅自退了下来,一定要按法枪毙。我们第1师,从前是最光荣最有名誉的军队;但是被孙团长个人毁坏,难道我们还能容忍这种败类,不枪毙他吗?”蒋介石并不是嘘声恫吓。第二天清晨,他又召集朱培德之第6军及孙元良团再次训话,重申了对孙元良的惩罚决定:“我们革命军的历史,是很光荣很名誉的。现在打下了南昌,又退回来,都是因为第1师第1团团长孙元良,没有命令,怕死退下来了,所以有这一次的失败。孙团长犯我们革命军的连坐法,我要把他枪毙。你们各位官长士兵,可晓得军法是不容情的,若是犯了连坐法,无论哪一个,都要依法枪毙的。”