1.益生元能够促进钙离子吸收
动物研究发现低聚果糖、菊粉、低聚半乳糖不仅增加小鼠和成年健康大鼠的钙吸收，而且菊粉和低聚果糖可显著增加去卵巢大鼠的钙吸收，减少骨量丢失。人类研究中也发现补充低聚果糖9 天到1 年不等的时间，可增加青少年的钙吸收，且持续1 年补充低聚果糖有助于升高青少年骨密度。在一项安慰剂对照双盲交叉设计的研究中，补充丁酯低聚糖6 周，能够增加绝经后女性的肠钙和镁的吸收，且骨密度低者，效果更显著。低聚半乳糖也可增加绝经后女性的肠钙吸收。
2.益生元对骨转换具有一定影响
低聚果糖和菊粉可升高小鼠体内骨钙素水平。低聚半乳糖/低聚果糖混合制剂与钙剂合用时，可增加大鼠骨的矿化和骨密度，还可增加成骨细胞表面积。一项针对绝经后女性的随机干预试验表明，补充低聚果糖24 个月，可降低血及尿中I 型胶原羧基端片段、骨钙素等骨转换生化指标水平。
3.益生元具有改善骨强度的作用
低聚果糖和菊粉可增加小鼠及大鼠骨密度及骨小梁厚度，低聚果糖、低聚半乳糖和菊粉具有增加健康大鼠及去卵巢大鼠骨强度的作用。
4.益生元能增强其他益于骨骼健康制剂的作用：低聚果糖可增强大豆异黄酮对去卵巢大鼠骨密度及骨强度的改善作用，益生元也可增加益生菌的骨保护作用。动物及人体研究均提示，益生元通过直接或间接作用促进骨形成，抑制骨吸收，增加骨密度及骨强度，从而发挥保护骨骼的作用。肠道菌群与骨代谢存在复杂而密切的关联，未来，肠道菌群可能成为调节骨代谢的重要靶点，益生元调节肠道菌群制剂有望为骨质疏松症的治疗提供新的思路，其治疗骨质疏松症的大样本、随机对照、长期人群研究，值得深入开展。