不过，虽然伽利略为近代科学及其方法奠定了基础，但是他主要是位科学家，关注的也主要是具体科学的研究。从欧洲思想史上看，在从经院自然哲学向近代自然科学的转变过程中，其标志性的人物是与伽利略同时代的笛卡尔。同伽利略一样，笛卡尔也是位著名科学家，不仅是“解析几何”的创立者，而且在物理学、心理学、解剖学、胚胎学等领域里都做出过杰出贡献。但是，与伽利略不同的是，笛卡尔更是位哲学家。可以说，他提出了一整套与亚里士多德的自然哲学迥然不同的概念体系，为近代科学研究奠定了形而上学的基础。因而，在国际学术界，笛卡尔也被视为近代哲学之父。而且，近代古典理性至此也正式成型，即以“普遍数学”为基础的“数学理性”。

与哥白尼、伽利略等人一样，笛卡尔也是在晚期经院哲学的氛围中成长起来的。1604—1612年，他曾就读于耶稣会主办的学校。在最后三年中，他系统地接受了哲学教育，主要是有关亚里士多德的思想。不过，他的老师们都是耶稣会神学家和哲学家，坚持的是从托马斯·阿奎那到苏瓦雷兹的基督教亚里士多德主义。虽然从他们的教学中获益良多，但是，笛卡尔却感到很沮丧和失望，因为他对亚里士多德强调一切知识来自感觉和抽象的“四因说”很反感，相反，他对柏拉图对几何学和代数的重视很感兴趣。他曾说，柏拉图“沿着他的老师苏格拉底的足迹前进，坦率地承认他尚未找到确定性，而满足于描述对于他来说是或然性的东西，亚里士多德则不够坦诚”。① 在笛卡尔看来，哲学必须为或然性的东西寻找确定性的基础，而确定性就是自明、清楚和分明。换言之，确定性原则就是从既简单而又无法置疑的东西出发，然后从简单到复杂，构造起一种确定的知识体系。

1619 年4 月23 日，笛卡尔提出要把人类各领域的知识建立在一个完全崭新的基础和方法之上，即一切知识都必须以几何学为榜样，具有自明性和不可置疑性，而所有或然性的信仰或判断都必须被抛弃。根据这一思路，他发起了近代哲学的革命，批判了当时占主流地位的亚里士多德主义。首先，在经院哲学的主要议题“存在与本质”上，笛卡尔针对托马斯主义的“存在主义”( Existentialism)，提出了自己的“本质主义”( Essentialism) 。② 托马斯主义的“存在主义”是指，有关实体存在的知识要优先于对其本质界定的知识。因为托马斯主义者坚持亚里士多德“一切知识都源于感觉”的立场，所以人可以在不知道一个实体的本质的情况下了解它的存在。换言之，一个潜在的实体唯有通过它的现实化才能被人感觉、认识和理解。当然，人们可以想象或谈论一个实体的本质，但是，要想对之有所了解、认识，那么就必须从对它的存在( 或现实化) 的感觉开始。
对此，笛卡尔认为，这种存在主义只能导致或然性的知识。与此相反，他认为有关实体的本质的知识要优先于对其存在的知识。根据这种本质主义的观点，人可以从天赋观念出发，经过理性演绎，如代数和几何的演算，就能知道事物存在的“秩序”( l’ordre) 和“量度”( la mesure) 。这一思想就集中体现在《指导精神的准则》、《谈谈方法》和《第一哲学沉思集》等著作中。

据说，笛卡尔在撰写这些著作时( 大约在1628—1629 年) ，他系统地研究过蒙田和沙朗( PierreCharron) 的著作，③并最终找到了克服蒙田和沙朗的怀疑论的方法，即“数学理性”。在《指导精神的准则》中，笛卡尔首先认为，探求真理的目的就是我们的精神要能够获得一种确定无误的知识。但是，他发现经院哲学所传授的做哲学的方法是错误的，因为它把大家“栓在以往老师说过的话上”，进行繁琐的三段论推理。为此，笛卡尔认为有必要寻找一条新的道路，为精神制定一些准则。① 通过研究，笛卡尔发现“代数”和“几何学”能够给我们带来确定无误的知识，因为它们都包括两个理性活动: 直觉和演绎。据此，笛卡尔认为直觉和演绎是精神能够获得确定性知识不可或缺的要素。即使是“上帝的启示，我们也要把它作为一种更确定的知识来相信，因为信仰总是带有一些含糊的东西，不是一种理智活动，而是一种意志活动。不过，如果它在理性中要有根据的话，那么这些根据能够、也必须通过直觉或演绎的途径找出来”

不过，笛卡尔又认为，他所设想的具有确定性的知识不是各种特殊的数学，如代数、几何学、音乐、光学、机械学等，而是“另一种科学”。他称之为“普遍数学”( Mathesis Universalis) 。普遍数学是以事物存在的秩序和量度为研究对象的，换言之，“它必须包含某种解释一切有关秩序和量度，又未被应用到某个特殊物质上的普遍科学”。③
由此看来，笛卡尔所说的“普遍数学”其实是一种崭新的“普遍科学”观念。马里翁( Jean-LucMarion) 认为，笛卡尔提出的“普遍数学”概念是从亚里士多德在《形而上学》中的“第一哲学”而来的。④ 这一判断确有道理。因为亚里士多德在《形而上学》中把“本体论”( “神学”是特殊的本体论) 列为“第一哲学”，即“形而上学”，它研究的是存在之为存在及其属性。而在《指导精神的准则》中，笛卡尔却以“普遍数学”为基础的知识论取代亚里士多德的本体论，让知识论成了第一哲学。可以说，笛卡尔实现了西方哲学史上的“认识论的转折”，比起“哥白尼革命”具有更为重大的哲学意义。

具体说来，以“普遍数学”为基础的知识论，也即笛卡尔所说的“第一哲学”，不再以存在之为存在及其属性为对象，而是用“秩序”和“量度”来研究事物，并把事物构成为认识对象。这样，秩序和量度就取代了存在本身，本体论就转化为认识论。即使是“神学”，它也要在认识论的基础之上进行论证。在《谈谈方法》和《第一哲学沉思集》中，笛卡尔就提出了一套“理性怀疑论”，认为形而上学的真理是理性怀疑的结果，如“我思，故我在”( Cogito ergo sum) 。
笛卡尔是这样推理的: 我自己也常搞错，于是我决定怀疑一切，甚至怀疑我的身体的存在。但是，我无法怀疑“我在怀疑”这一思想活动，而“我”( je) 正是一个“思想的东西”( chose qui pense) 。为了说明“我”，笛卡尔又给出了上帝存在的形而上学证明。因为“我”是生活在既定的时空条件下的，这样一种有限的存在要想思考无限的存在，唯有无限的存在赋予他这种能力。所以，上帝存在。不过，这种论证上帝存在的方式不再是启示神学，而是理性推理了。

在《指导精神的准则》之后，笛卡尔又撰写了《谈谈方法》，具体阐述了他的科学方法论。首先，在《谈谈方法》中，笛卡尔认为人人都有“良知”( 即理性) ，即“那种正确判断、辨别真假的能力”。⑤但是，人只有“良知”或理性是不够的，因为天赋理性并不能保证人一定获得真理。要追求真理，人还必须学会正确地运用理性的方法。
那么如何运用理性呢? 在《谈谈方法》中，笛卡尔简述了自己的求学经历，发现修辞学、神学与哲学等并不能教给他探求真理的方法。于是他下定决心去读世界这本大书。他发现在现实生活中，普通人的推理要比关在书房里的读书人的推理包含更多的真理。因为普通人的推理是设身处地的，一旦错了，结果就会立即惩罚它。而读书人则是关在书房里闭门造车，思辨而不产生任何实效，即使错了，也并不知晓。

当然，逻辑、几何学与代数这三门学问对笛卡尔探求真理的方法有一定的帮助。但是，在逻辑方面，三段论式等逻辑法则只是分析已知的东西，并不能告诉别人未知的东西。几何学与代数则过于抽象和繁琐。为此，笛卡尔力图找出一个包含上述学问的长处且又没有其缺点的新方法。这一新方法包括四条规则。① 在《几何学》、《折光学》与《论大气现象》中，笛卡尔具体应用了这四种方法准则。不过，这些方法论的准则必须通过哲学的理念才能得到确定。如第一条准则“明证性与确定性的要求”，如何才能获得明证性呢? 笛卡尔认为，唯有通过“怀疑”，才能达到明证性和确定性。笛卡尔并不愿像古代怀疑论者那样，为了怀疑而怀疑，而是“使自己得到确信的根据，把沙子与浮土挖掉，为的是找出磐石和硬土”。②为此，在《谈谈方法》第四部分与《第一哲学沉思集》中，他通过“我思故我在”命题和完满性概念明确地推论出主体“我思”、上帝和物质世界的存在。此外，在自然研究中，笛卡尔也具体运用了这一方法。首先，他用物理机械论代替了传统经院哲学中亚里士多德主义的“形式—质料”说。在《指导精神的准则》中，笛卡尔试图开辟出一条崭新的道路，即用机械论来解释一切物理事实，包括身体器官和大脑。他认为，自然的唯一活动就是机械运动。其次，传统经院自然哲学探讨的是自然秩序，而且这一自然秩序里的各部分又服从一个目的等级制。而笛卡尔则认为，自然科学研究的是自然的规律，特别是物体运动的规律。

第三，笛卡尔从科学研究的实践出发，认为科学研究遵循的是“假说—演绎—试验求证”的方法。这也与经院哲学只强调抽象的逻辑推理( 如三段论) 根本不同。

在晚年，笛卡尔还撰写了《灵魂的激情》( les passions de l’me) 。这是他生前发表的最后一本著作。他不仅讨论了心理—生理学，而且进一步展开了他的伦理思想。他认为，人不是一个只与身体体质有着外在关系的天使，而是一个拥有自己身体的存在。因此，道德生活的任务就是把各种激情纳入到“理性秩序”之中。换言之，激情只有让理性来指导，才是善的。而其最高境界就是“慷慨大度”( La Générosité) ，它同时既是自由的信念，也是善用其自由的坚定决心。罗迪—刘易斯( Geneviève Rodis-Lewis) 女士认为，有关慷慨大度的讨论是笛卡尔哲学沉思的最后成果。③1649 年，笛卡尔应邀前往斯德哥尔摩给瑞典女王克丽丝蒂娜讲授哲学。其间，他为纪念威斯特法利亚和约撰写了巴蕾舞诗《和平的诞生》( la Naissance de la paix) ，并于1649 年12 月19 日把它搬上舞台。这是一篇和平主义的宣言，是与笛卡尔主张的科学给人类带来进步的观念相通的。他希望克丽丝蒂娜女王是一位为人民命运负责的君主，推进科学的进步。④ 这一切可以说是笛卡尔整个哲学体系的旨归。

从历史上看，在伽利略和笛卡尔的影响下，从17 世纪初开始，随着格老修斯、霍布斯和洛克等人的倡导，自然法成为欧洲政治思想的基础。一直到18 世纪中叶前后，由于孟德斯鸠、伏尔泰、维科、卢梭等人的倡导，以市民法为基础的文治科学传统才重新复活，为19 世纪“历史主义”的崛起和自然法的衰落铺平了道路。从此，“历史理性”被引入欧洲思想之中，成为19—20 世纪欧洲思想的核心概念之一。当然，关于“历史理性”概念的形成，这已超出了本文设定的议题，需要另行撰文论证。

关于这篇文章我还有一点想法，即这篇文章主要是论述欧陆理性概念的形成，而我们知道英国的经验主义并不完全适用这个线索，分歧点就在蒙田之后，笛卡尔通过我思故我在找到了知识确定性的基础进而用几何方法开拓知识，而培根是比笛卡尔生活的更早的英国人，而他显然没有像笛卡尔那样找到蒙田的认识你自己的答案，而是从蒙田自然怀疑主义出发去寻找外在的知识，幸运的是英国热衷于殖民开拓领地，培根通过科学归纳法的创立建立了经验理性，实现其知识的伟大复兴。

洛克基于培根等先驱发展出来的经验理性再运用笛卡尔的普遍怀疑原则扫清一切天赋理念就只剩下后天接受经验的思想白板，这个论证过程反映在人类理解论的只言片语中，我想这个具体的论证过程肯定没那么简单，或许借鉴了笛卡尔的学生比埃尔培尔的怀疑论方法。