1百鬼丸和多罗罗分开的方式。
漫画里百多两人是被地鼠一行人强行使用暴力分开的，百鬼丸杀死了一部分地鼠的部下，地鼠则使用火器打伤了百鬼丸；
新TV是两人因上一集发生分歧导致走散了，让地鼠趁虚而入带走了多罗罗。
好处是这样一来就避免了百鬼丸和地鼠集团的第一次正面冲突和交手，一方面让百鬼丸避免陷入不得不杀人的境地，另一方面穷得拼命想找钱的地鼠此时也不太可能有火铳这么值钱的东西，而且当时是15世纪中后期，火铳是非常少见的。（火器最早在日本使用根据记载是在“应仁之乱”时期，也就是刚使用没多久。）

2地鼠是怎么知道藏宝图的。
原著没有交代，地鼠是一追上来就说知道多罗罗后背刺有藏宝图，既然多罗罗母亲是死前三四天在她背上刺的，那地鼠知道就很不合逻辑了，尤其是他一上来就知道是刺在后背的，那你干嘛带走多罗罗？直接看一下后背不就行了？此外这一点牵涉到后面扒衣服的剧情也不合理，都知道在背上了那直接看后背不就行了，何必扒得连兜裆布都不剩？
新版改得就要更合理，地鼠一直没有发现老大的破绽所以只是怀疑有这笔钱存在，多罗罗母子走后没多久他试着去挖坟（那时母亲才去世不久），是有可能发现藏宝图的（图只有一半没办法立刻去找，并且推测出多罗罗应该有另一半），后来等他被领主抛弃落魄了，急需钱东山再起，才又想尽办法来找多罗罗的另一半地图（动机、原因都有了），并且是多罗罗主动给他看了后背，他才决定无论如何先带走多罗罗再说，后来也是因为他不知道地图到底画在哪里才把多罗罗扒得一丝不挂的。

3多罗罗被带上小船是自觉的清醒的。
原著多罗罗在岸上自己不小心撞到了石头昏了过去，被迫上了船，按照她的性格来说是符合人物逻辑的，但是后面她一醒来便立刻鼓励土匪们勇斗鲨鱼就有些不合理了（事情的前因后果她都还不太清楚，包括不知火的自我介绍她也没听见）；
新版她是自己上的船，当然她主观上肯定是不想去的，一是她不希望地鼠拿走钱，二是不知火的出现很可疑，但当时她后背的地图并没有被发现，地鼠给她松绑也表现出一定的缓和气氛，再加上对方人多势众她挣扎也无济于事，估计她是想看看后续发展再见机行事，那这样一来后面她鼓励土匪们就比较合理了，因为知道情况的确很危急，大家都放弃等死了，地鼠也似乎有点后悔，她才愿意暂时放下立场不计前嫌的。

4地鼠用鲨鱼的尸体来引诱不知火上岸非常狡猾，表现出了人物的性格。
他知道离开水没了鲨鱼不知火根本不是他们的对手。原著则是他们还没上岸就被不知火追上了，这样表现多罗罗冷静机智的台词就没起到铺垫作用：“只要我们划得好，就算被海潮冲走也无所谓，反而可以利用它来脱离海潮带”，后来幸亏是靠百鬼丸及时赶到才避免了再次陷入危机，功劳都给百鬼丸了。

5原著没有讲不知火是怎么分辨两条鲨鱼的，新版也没讲，不过两条鲨鱼眼睛的颜色貌似是不同的，二郎丸是红色的，三郎丸是正常的。

6多罗罗跳下水前腰上是扎了一根救命加联系绳的，原著是没有的，显然新版操作起来更符合逻辑。

7原著多罗罗唤醒土匪的手段很卡通化，新版就要写实多了，而且就地取材让我印象很深，很有个性，表现了多罗罗骨子里继承了父亲的意志品质，另外还不忘展现地鼠作为土匪首领的作用。

8不知火改得比原著更残忍无情（这点我也不太明白到底是合理还是不合理）
新版不知火只有一只胳膊，是想表现他过分爱鲨鱼甚于自己的生命，但是他不仅抓小孩女人，甚至连整个村子都被他灭了，感觉虽然符合眼里只有鲨鱼的角色设定，但有点过分冷酷，基本上对人已经没有任何共情了；
原著不知火也设定为眼里只有鲨鱼，但他一般只抓落难武士，偶尔会抓普通人，而无辜的老人和女人他应该是不抓的（原著他的台词：“残忍？我可不觉得，跟杀害无辜的女人和老爷子比起来，哪个更残忍？”），感觉原著批判得很直接，这点新版因为后续还没有播放，不知道不知火的性格和动机到底会怎么去完善，所以目前我不太清楚编剧这么改的目的。

9避免了原著一些无用的杀人情节，比如地鼠在岸上杀掉船夫等人只是因为他们不肯出船（直接抢船不就行了，用得着杀人嘛？自己划过去好了，后来土匪们为了逃命不是也用腰板当桨划了嘛…）；
新版改成地鼠只是想找一艘船，但整村人全被不知火喂鲨鱼了，船也都被故意破坏了，只有不知火才有船，所以即使他很可疑也只能先上他的船再说（唯一选择），而且地鼠早就考虑好了，一旦有必要就杀了不知火，只要有船就能到对岸。

10本集虽然作画很一般，但是鲨鱼袭击人那里的水花和多罗罗水下部分的作画还可以吧
暂时就想到这些，纯属本人陋见，欢迎补充，完~

頂一下，難得的長文分析

楼主又是你，感觉你的分析都挺客观到位的，而且这些漫画资料你不说大部分人都不知道。这么看来幸好动画改动了，而且哪怕改了这么多还有人喷，如果一点不改怕是一些人要把动画评论区变战场

分析的有理有据，赞一个

从不知火与二郎丸、三郎丸交流的态度就可以看出他是长期受到周遭人类的欺辱，最后才将青梅竹马的鲨鱼们当作至亲、相依为命的。因为心底已对人类厌恶透顶，所以才会心安理得地引导“兄弟”们吃掉无辜的旁人、甚至是同为人类自己的手臂。只是手冢大神那个时代还没有“人类是地球的癌”这种水平的思想，最天才的反派野心家也是想把地球人全变成天真**，或让动物与机器人们拥有智慧为自身阶级抗争、最后在优胜劣汰中不知不觉地灭了人类。新版动画对不知火反人类性格的补充是合理的