为了对抗拿破仑即将称帝的野心弗朗茨二世皇帝于1804年8月10日成立奥地利帝国，自称奥地利皇帝。第三次反法同盟后，弗郎茨二世在奥斯特里兹战役惨败，神圣罗马帝国首都维也纳被法军三次攻陷，奥地利军被全歼，双方签订普雷斯堡和约，莱茵邦联创立，1806年8月6日弗郎茨二世被迫放弃神圣罗马帝国皇帝的封号，只保留奥地利皇帝头衔。至此，历经了844年的神圣罗马帝国彻底宣告终结。弗朗茨二世再度被迫臣从于拿破仑和沙皇亚历山大一世的提尔西特同盟中。不可干涉第七次俄土战争。

弗朗茨二世发起了四次反拿破仑的神圣同盟，都被拿破仑打败，而且大大削弱了奥地利的国力，间接导致日后普鲁士的崛起。1806年，拿破仑强行解散了神圣罗马帝国，历八百年的神圣罗马帝国灭亡，奥地利成为莱茵邦联的一部分。弗朗茨二世被迫以和亲的方式，把女儿玛丽·路易莎嫁给拿破仑。从此哈布斯堡王朝的势力大幅度衰落，无法恢复对全欧洲的影响力

弗朗茨二世在1814年拿破仑倒台后，立即主持召开了维也纳会议，在首相梅特涅领导下成立维也纳体系和神圣同盟，企图恢复欧洲的旧“秩序”，以抵消自由主义的影响，但被迫制定宪法，承认部分改革。在1848年革命后，维也纳体系被推翻，弗朗茨二世用尽一生精力维系的奥地利帝国崩溃，匈牙利、波希米亚、巴尔干各国民族主义纷起。
法国大革命中被断头的玛丽·安托瓦内特王后是弗朗茨二世的姑姑。

家庭
弗朗茨一共结婚四次， 十三名子女皆由第一和第二位妻子所出。 当中只有七名活到成年。