总之我开始个人观点分析下：
也不说奈落当时多强了，总之比犬夜叉妖力强太多了，为了得到玉和桔梗的计划真够深。
分析奈落模仿不了的地方，如妖力和灵力强弱，气味，当初要是奈落变成桔梗话袭击的是犬夜叉应该不成功，火鼠袍这战甲，具有妖力，和犬夜叉的嗅觉能辨识真假桔梗，但是还是被骗了，作者反正就是要奈落成功骗他，用了不直接接触，如写信什么的。

之前看过其他人的分析过，是不是桔梗本人的箭，假如不是，那受伤桔梗已经知道被中了别的妖圈套了。
假如是，可以往后继续分析，桔梗不管是不是被感情冲昏，但也不可能被自己天生的女巫灵力感应骗到。
反过来想想，桔梗和犬夜叉相处这么久，难道不知道彼此强弱?桔梗守护四魂之玉已经有多久，对付各种妖的经验智慧，见识多广，有着当时最强女巫称号，能看穿妖的弱点，应该多少能看到这家伙到底是不是我认识的犬夜叉，居然在察觉不到情况下被袭击，为什么，应该不相信这不是真的犬夜叉。

她内心应该想到，假的在这里，难道真的已经被....(应该想到后面的发展了)为什么故意没杀自己，只是为了拆散她们，不是为了四魂之玉，有没有袭击犬夜叉，应该不可能成功袭击生命力这么顽强的穿着火鼠袍犬夜叉。
但还是担心着，想到后面，假扮了犬夜叉为了陷害他，假的犬夜叉假如不是为了夺四魂之玉，那真的犬夜叉应该也被骗了，真的犬夜叉一定冷静不了，去村里扰乱报复自己，虽然能受得了战斗袭击，但受不了骗局。
要是真犬夜叉成功夺玉就会永远不会和她相见了，玉只能被那假的犬夜叉永远夺去，她的心愿也随之被那妖骗局破灭，她能解释给真犬夜叉相信话，但不保证还会有下次，已经被骗团团转了。
桔梗天生和玉有灵力感应，然后她应该想到将计就计，为了保护犬夜叉安危，无奈之下先封印他，反正和我斗了这么久死不了，这一箭先委屈下了。为了不给敌人夺玉自己和玉融为一体，香消玉殒。
（看似完美解决问题了，但真不简单）

四魂之玉天生和女巫灵力的感应，那桔梗应该想到自己和玉也应该共鸣，利用玉增强自己灵力应该能保护好犬夜叉，但还是永远成不了普通女人和犬夜叉在一起的愿望。她还是想摆脱这命运，既然玉回应自己不能摆脱，那只能接受好了，让玉和自己永远消失在这年代，来生再成为普通女人和犬夜叉，玉回应她的愿望（看似简单，但真不简单）。

《恐怖游轮》

（下面开始纯属个人猜想，类似桔梗的源氏计划吧）
桔梗很早以前话，应该知道利用时代树做时空穿越，《穿越时空的思念》剧场版里，她居然知道在妖力改变时代天气变化，桔梗这么天资聪慧过人，小时候应该很能玩，为了不想做这份艰苦女巫工作，自己也跳到井穿越到别的时代也有很大可能，所以那些被灭的妖都被丢到井中妖也给她利用四魂之玉复活又灭之，有了超常人实战经验知识。

在和各妖的战斗的时空旅途中，她为偶尔了解半妖犬夜叉的过去，而穿越过去见西国的斗牙王，他便是桔梗的恩师，让她了解到他的强大来自三界，让她了解到人和妖也能和谐共处，然后他说了自己和人类十六夜公主的伟大梦想，希望她能用四魂之玉带给人和妖和谐的世界，桔梗也同意了他的看法，之后他们把这长远计划都商议周围详，假如真是这样，可以说她的一生过很充实，成为时空女神，她一直一直在幕后守护着犬夜叉。

（开始结合剧情）
我也不相信，奈落的那一点爪伤应该是不能给桔梗致命以支撑不了的，假如她能穿越时空的理论正确，她也会制造陶土的自己骗奈落，给陶土一丝灵魂，来完成将计就计。
所以她让陶土自己下葬后，带四魂之玉离开，留给自己的后世，戈薇。
然而作者穿插着个让人很奇怪的剧情，二人正谈情说爱，突然桔梗就救了鬼蜘蛛，她为什么明知是妖还要去救，是被犬夜叉熏陶了吗，妖也有好的一面？很多人这么想，但这有些违和感觉，安排真的是这样吗？
（我的猜测，是桔梗计划通的。）

桔梗要成为时空女神，她想到既然摆脱不了命运，只有这样才能不管在什么时候都能和犬夜叉在一起。
她也应该曾经和鬼蜘蛛交过手，放了他生路，诉说为什么放他的原因，因为人与妖和谐世界计划，给了他有为人和妖世界和谐共处构想，那时候就能够与人类的她就能在一起了，正在事业高峰的他又被人类伤害，他想去世前最后看桔梗一面，然而桔梗知道他还会回来，就边治疗边和他聊人生世界观各种长短，后开始让他加入她的犬夜叉计划(人与妖和谐世界计划简称人妖计划)。

她一定诉说自己的命运，也带他穿越不同时代看到真实，人和妖都只不过是时间的刹那，只有珍惜现在才是美好，她说自己的命运已经和犬夜叉分不开，鬼蜘蛛不能和她在一起，桔梗感谢他的心意。他只能默然忠心以爱的祝福的他们二人，答应以奈落身份在犬夜叉时代完成桔梗心愿。
她暗中让人培养自己的妹妹替自己守护犬夜叉，在与犬夜叉相遇前，为人与妖和谐世界计划，以四魂之玉媒介，吸引到四魂之玉处，封印后传达，以女巫之力传达自己的净化，接受各妖国的委托，去了异乡女巫神寺游说，说服了很多来自各地的妖加入。
利用犬夜叉封印的50年来准备

看了这么多，奈落没有封掉那时代树和那时代树做的井，看来爱之有加，最后还是四魂之玉自己封掉井，戈薇许下愿望让玉消失，怎么可能，要是消失了，现代的她就来不了战国时代了，所以那诅咒假面碎片是桔梗留给现代的戈薇的，桔梗的人与妖和谐世界计划愿望都没完成，怎么能给四魂之玉消失。
四魂之玉相当是人类与妖们的欲望，只要还存在无穷欲望就不会消失，四魂之玉也有意识不会让自己消失的，把戈薇带入冥道就是知道她会许愿让自己消失，那玉可能直接与戈薇融一体离开他们的视线，融为一体后，桔梗的普通女人心愿，脱离四魂之玉的命运束缚就完成，犬夜叉完结漫画后的特别篇结局也有些强调了四魂之玉已经消失，这有些故意双关强调还没结束，明明没有消失说了已经消失，为什么妖说要吞桔梗和四魂之玉，可能闻到她身上有四魂之玉气味吧。
那妖也是桔梗故意提醒他们吧，四魂之玉没消失。要是有人和妖和谐世界话，那现代就改变了，然而桔梗的愿望计划还能怎么进行，目前有很多分析，最让我信服的猜想没想出。

虽然没看懂，但总而言之你很适合脑洞同人文

小时候看这一话只觉新奇有意思，长大重温却心里一阵阵寒颤，不是因为面具和画面可怕。现代这片碎片，表明五百年前主角和配角乃至酱油妖怪中，没有任何一方集全四魂碎片，让这么一片留在桂树里安然度过了500年，桂树都被砍伐、加工成面具了，还是没人管那个碎片。碎片跨越马革裹尸、战火纷飞、技术变革的年代，安然无恙地留存到500年后的现代，那么古代那些人都干什么去了，到死拿着的都是残缺的四魂之玉？还是说已经集全玉却又碎了？
原著里消灭死假面后有一段戈薇的推测总结：难道现代也有四魂之玉碎片？
感觉高桥本来设定中还计划过继续有其他碎片让男女主从现代收集，可是后面再也没出现此类剧情，大概是团队有人意识到时空悖论提建议，让她放弃了现代碎片的梗。

又是一个为了自己喜欢的角色想搞一套理论来圆BUG的……我也是这样，但是即使照你的理论来很多也推不通啊。