黑暗森林法则的基础是：
一、宇宙中智慧文明的数量太多。小说中相距5光年就存在两个智慧文明，这密度高得太恐怖了。（这一条是完全基于小说的，没有现实科学依据，但由于人类的探测能力还太落后，无法完全排除百光年半径出现一个智慧文明的可能性）
二、各文明的社会结构多样。这一条可以观测人类历史和地球生物群落的社会结构得出。（小说中三体人的社会结构好像是蚁巢形的）
三、智慧生物的智力水平不一。这一条可以观察地球上的生物进化得出。蚁群形的社会结构是集体智慧发达，但个体智力比较低下。（小说中三体人由于信息传递方式类似于信息素吧，所以无法创造侦探小说、诗歌之类的文化）
四、文明的科技发展程度和等级不一。这条很容易理解，地球上各国的科技水平就差别巨大。
五、文明的发展加速度不一。这也好理解，一个智慧文明的平均智商是低能儿的水平，发展到人类现在的科技可能要1千万年以上；人类用了几十万年；其它文明的平均智力可能超越爱因斯旦，几万年就够了。（三体人就花了几百万年，说明它的发展加速度低于地球人）。
基于以上几条：
我害怕你的文明发展加速度比我高，原来你落后于我，一旦你我开始接触，学习我的科技和文化后使双方水平相同，那么，你就会快速超越我（你的智商比我高，理解力比我好，超越我是肯定的）。
所以我必须在你还落后于我的时候消灭你。
作出"消灭你"这一决定，跟我文明的善良与否无关，只跟本文明的生存有关。
除了小说中说的资源争夺因素之外，还有文化自卑等多重因素都会导致害怕暴露自己。这种因素是在文明等级差距不大的情况下出现。
我们假设三体人的形体大小是昆虫级别的，一旦移居太阳系与人类共处，那么一个幼儿园的小朋友就可以轻易碾死一群三体人。在理性之下，幼儿没有刑事能力不受刑事处罚。那么这些三体人不就白死了？！所以三体人就无法与人类共处！
同理假如X星人是食肉恐龙进化来的，体形和霸王龙相似，残杀异族是它的本性，一切比它小的碳基生物都在它的食谱上，那人类怎敢暴露自己与它共处？
不确定性会使任何独处的智慧文明都小心翼翼。