第三次与第四次学科评估规则略有不同，第三次是排名，第四次是百分比，其中A+是前二或者2%。而第三次的各学科参评高校很少有超过百所的，最多的学科也只有120所，所以假如以第四次的标准来衡量第三次，各学科取前二名能算A+水平，不会存在一个学科有三个以上的A+学校。
现在统计第三次各高校得前二学科数，就可以跟第四次A+数对比了。
校名 前二数 A+数 相差数
北大25 21 -4
清华18（注：减去了两次协和的）21 3
人大12 9 -3
北师8 6 -2
中农8 6 -2
南大7 3 -4
浙大6 11 5
复旦6 5 -1
东南6 5 -1
中科6 7 1
上交4 5 1
武大4 4 0
华科4 4 0
西交4 2 -2
哈工3 3 0
同济3 4 1
北航2 4 2
川大2 1 -1
中南2 3 1
南开2 0 -2
天大2 1 -1
海大2 2 0
电科2 2 0
中山1 2 1
吉大1 0 -1
华师1 2 1
厦大1 1 0
华工1 1 0
兰大1 1 0
北理1 1 0
东北1 0 -1
山大0 1 1
大工0 0 0
重大0 0 0
西工0 1 1
湖大0 0 0
总计146 139
仅以此看的话，这五年时间，浙大清华北航是进步最大的，而北大南大人大北师中农西交南开都有明显退步。总体看工科为主的高校发展势头比综合类要好。