文学部之门讲述的是20XX年7月28日,中二病患者主角在教室里发现了文学部部长Monika的尸体,主角向同级好友sayori发送了一封关于此事的邮件,改变了过去,进入了阿尔法世界线。在这条世界线里,Monika并没有死去,可青梅竹马sayori却因sern手下的rounder之一——yuri的原因,抑郁症发作后上吊自杀。主角就算时间跳跃多少次,也改变不了sayori上吊死亡的收束。最后,Monika牺牲自己,让主角回到了贝塔世界线。回到贝塔世界线不久后,从未来回来的natsuki请求主角回到7月28日拯救Monika。在经历一次失败后,主角收到了来自未来的自己的影像邮件。在第二次尝试成功后,进入了一切未知的世界线——文学部之门。