附上鸡翻
谁会怀疑手持式基因测试用来揭开寿司条，把罗非鱼吞下金枪鱼会对进化产生深刻的洞察力，包括新物种的出现？
谁会想到从世界各地数百名研究人员收集到的100000个动物物种中收集到的五百万个基因快照，称为“DNA条形码”，并存入美国政府运行的GenBank数据库？
这将是来自纽约洛克菲勒大学的Mark Stoeckle和瑞士伯尔尼大学的David Thaler，他们上周共同发表了一些研究结果，如果不是推翻的话，肯定会有一个以上的关于进化如何展开的定论。
例如，教科书上的生物是那些有着大量的人口的物种，认为蚂蚁，老鼠，随着时间的推移，人类将变得更具遗传多样性。
但这是真的吗？
“答案是否定的，”这项研究的主要作者Stoeckle发表在《人类进化》杂志上。
对于地球上的76亿人，5亿只麻雀，或者100000只鹬，遗传多样性“差不多，”他告诉法新社。
这项研究最令人吃惊的结果可能是，在今天的地球上，包括人类在内的10种物种中有九种在100000到200000年前就出现了。
Thaler对法新社说：“这一结论非常令人吃惊，我尽我所能与之抗争。”
这种反应是可以理解的：如何解释一个事实，即90%的动物生活，在遗传上，大致相同的年龄？
200000年前有没有灾难性的事件几乎抹去了石板？
更简单，更便宜
为了理解答案，我们必须了解DNA条形码。动物有两种DNA。
我们最熟悉的核DNA，在大多数动物中被雌雄父母传递下来，并包含了每个个体的基因蓝图。
在分析100000种DNA条形码的过程中，研究人员发现了一个迹象，表明几乎所有的动物都出现了。
在分析100000种DNA条形码的过程中，研究人员发现了一个迹象表明几乎所有的动物都在同一时间出现在人类身上。
由DNA构成的基因组由四对排列成对的分子构成。在人类中，有三十亿对，分为大约20000个基因。
但是所有的动物在线粒体中也有DNA，它们是每个细胞内的微小结构，将能量从食物转化成细胞可以使用的形式。
线粒体包含37个基因，其中一个被称为COI，用于DNA条形码。
与核DNA中的基因不同，不同物种之间的基因差异很大，所有的动物都具有相同的线粒体DNA，为比较提供了共同的基础。
线粒体DNA也更简单，更便宜，隔离。
大约2002，加拿大分子生物学家Paul Hebert发明了“DNA条形码”一词，通过分析COI基因找出了一种识别物种的方法。
Thaler说：“线粒体序列被证明是完美的，因为它恰好平衡了两种相互矛盾的特性。”
“中性”突变
一方面，COI基因序列在所有动物中都是相似的，便于挑选和比较。
另一方面，这些线粒体片段是不同的，足以区分每个物种。
Thaler说：“它与每一个动物领域的专家专家所做的物种命名几乎完全吻合。”
在分析横跨100000个物种的条形码时，研究人员发现了一个迹象，表明几乎所有的动物都与人类同时出现。
他们看到的是所谓的“中性”突变缺乏变异，这是跨代DNA的微小变化，既不帮助也不损害个体存活的机会。
换句话说，它们在进化的自然和性驱动方面是无关紧要的。
一项新的DNA研究发现，如今包括地球在内的10种物种中有九种在100000到200000年前就形成了。
一项新的DNA研究发现，如今包括地球在内的10种物种中有九种在100000到200000年前就形成了。
这些“中性”突变彼此相似或不相似，就像树木年轮一样，它们揭示了物种的大致年龄。
这让我们回到了我们的问题：为什么今天存在的绝大多数物种都同时出现？
达尔文困惑
洛克菲勒大学的人类环境项目负责人Jesse Ausubel解释说，环境创伤是一种可能。
“病毒、冰河时代、成功的新竞争者、失去的猎物都可能导致动物数量急剧下降的时期。”他对法新社评论说。
“在这些时期，基因创新更容易席卷人口，有助于新物种的出现。”

但最后一次真正的大规模灭绝事件发生在6550万年前，当时可能发生的小行星撞击摧毁了陆地上的恐龙和地球上所有物种的一半。这意味着人口“瓶颈”充其量只是一种局部解释。
Stoeckle说：“最简单的解释是，生命总是在进化。”
“更有可能的是，在进化的任何时候，活着的动物在这一点上最近出现了。”
在这个观点中，一个物种只会持续一定的时间，然后进化成新的或灭绝。
另一个来自研究物种的意外发现有非常明确的遗传界限，而且两者之间没有多大差别。
“如果个体是恒星，那么物种就是星系，”Thaler说。它们是巨大的空序列空间中的紧凑集群。
他说，“中间物种”的缺失也是达尔文的困惑所在。

这是要把上帝创世从6000年前前推到10~20万年前么

这俩学者啥背景啊

二十万年对于很多哺乳动物来说并不漫长啊

科学就是这么进步的 没毛病

我要是没理解错的话，这段话的意思就是所有物种，分子生物学方法只能追查到10-20万年的基因库，如果这样的话说现代人当然不会有”20万年前的早期智人或者50万年前的北京猿人基因库，所以就被一些人误认为前者不是现代人的祖先

我就不明白这研究到底发现了什么了不起的东西。界门纲目科属种，就是按照生物在进化树上出现的时间来定义的；所以只研究现存的“种”的话，它们出现的时间自然就会比较接近；如果遗传多样性增加的多了，那不就划分到别的种里面去了吗？他们不如研究下“灵长目”或者“脊索动物门”，看看多样性如何？这个研究不是在先打枪再画靶子？
量子涨落对所有基因一视同仁，所以即便不考虑环境适应造成的灭绝和分化，漂变也是不可避免的，分化也是不可避免的，除非某种选择能抵消漂变；同种生物分子钟变化的速率是基本相同的，出现变异可能的速率也是稳定的，现存物种分化的时间自然会指向比较接近的时间，这不就是“进化一直在发生”吗？
所以，这研究发现了啥？

这结论只是说当代90%物种20万年前就存在了，并没有说30万年前都不存在。按中国语法的理解，应该是这样？或许西方语法不这样理解？奇怪的思维方式！

抽空看了一下原文 又搜了搜相关报道 说说个人感想：这文章和作者都有点奇葩 这回貌似还真不能算是无良媒体过度解读 而是作者自己吹的太过了点
原文标题Why should mitochondria define species? 发表在Human Evolution Vol. 33 - n. 1-2 (1-30) - 2018 上 搜了以后我才注意到这不是那个Journal of Human Evolution 它就叫Human Evolution 是一个名不见经传的不入流的小杂志...
文章格式很新颖 措辞相当的随意（我表示头一次在学术论文上看到“spoiler alert”...）看得我一愣一愣的
文章主要研究了传说中的DNA Barcode项目 这个项目原本是为了开发一个快速鉴定动物物种的方法（用便携式设备快速为一个特定的线粒体基因测序后跟数据库比对） 根据此文 目前已经搜集了来自十万个物种五百万个标本的数据 作者觉得这么多数据浪费了不好 于是分析了一波 主要发现如下：
1. 靠线粒体基因序列鉴定物种很靠谱 目前的鉴定结果跟专家的鉴定结果高度一致
2. 大多数序列差异来自于同义突变 种类序列多样性相当的低 种间序列差异相对高
3. 大多数动物的线粒体基因多样性跟人类一样都很低 个体数量和地理分布对此影响不大

被媒体和部分神创论者竞相吹捧的“现存物种90%起源于十万到二十万年前”这个神奇的结论是怎么来呢？
作者在文中说到：人类基因多样性很低 线粒体夏娃和Y染色体亚当都出现于十万到二十万年前 现在发现绝大多数动物的线粒体基因多样性跟人类差不多低 所以这些动物的线粒体夏娃也应该出现在这个区间里
文中作者结论的原话是“the extant population, no matter what its current size or similarity to fossils of any age, has expanded from mitochondrial uniformity within the past 200,000 years.” （现存的种群，不管个体数量多少，也不管跟任何年代的化石记录有多相似，都是从二十万年内的某个单一线粒体分支发展而来的）
到了媒体那里 这个结论就被简化为现存的90%的动物（包括人类）都是十万到二十万前出现的了 （这一点似乎并不是媒体的误读 而更多的是作者在接受采访的时候有意无意的引导 有兴趣的同学可以看看各路媒体引用的作者原话）
我个人认为这个结论相当的不靠谱 原因如下：
1. 这个研究只关注了线粒体上的一个基因片段（貌似只有600bp） 而关于人类基因多样性的研究是广泛参考了各种基因（包括核基因和线粒体基因）之后的结论 二者不能同日而语
2. 作者没有给出任何实际的推算过程 没有讨论不同物种中线粒体基因的变异率是否相同 也没有讨论用母系遗传的线粒体来推断种群历史是否合适
3. 虽然作者花了相当的篇幅引用了若干其他研究来说明这些同义突变应该可以被看做是中性的 但我个人吹毛求疵的看似乎没什么说服力 作者压根儿就没有证据能证明这个基因片段真是中性的啊！
媒体的宣传就更不靠谱了 就算我们默认作者的结论都正确 线粒体起源跟物种起源也实在差了很多 任何有基础的种群遗传学知识的人都知道 线粒体夏娃绝不等于第一个女性个体 线粒体夏娃存在的年代顶多能算是物种起源的最小年代 在线粒体夏娃之前一个物种可能已经存在了很长时间

默认作者的数据都没问题的前提下 我个人觉得有趣的发现就只有“绝大多数现存动物的一个特定线粒体基因多样性跟人类一样都很低”这一条
这一条可能说明现存动物跟人类一样在十万到二十万年前经历过种群瓶颈（作者偏爱的结论）
也可能说明有普遍的稳定性/净化选择（stablizing/purifying selection）或者其他种群动态维持了低多样性 （作者在文中也有讨论）
抑或是更简单的原理 比如由Lewontin悖论引发的一系列研究告诉我们 连锁选择在大种群中作用更明显 导致中性变异在大种群中相对更少 等等都有可能
个人总结 这就是一篇不入流的杂志上发表的一篇不入流的小文章 只是媒体的宣传引起了各种过度解读 作者提出了一个非常大胆的结论 以目前的证据来看并不令人信服 当然这只是我个人的看法 学术界什么反应我们可以静观其变（顺带一提 此文3月就挂在了bioRxiv上 5月正式发表 至今除了引起一点神创论的小高潮之外似乎并没有在学术界引起多大讨论）
学术上的争论 留给专业人士神仙打架就可以 我等凡夫俗子不必听风就是雨 就酱