遊玩順序 月爛>ELF>LOLI>月爛
基本上把2.0的都跑玩了，花了不少時間
個人女主喜愛順序 月爛=ELF>LOLI
路線喜愛順序 ELF>LOLI>月爛
我其實很想說，月爛路線寫得太爛了吧，整個很不通各種編劇自打臉的感覺(月爛線放最後說吧)
ELF路線很棒，開發和環境的問題的衝突，還有精靈長老真的很讚，那句:人類是健忘的生物貫穿整個路線，這句話一開始給人一種長老討厭人類的感覺，但跑到最後反而是對於人類壽命的無奈，並在遊戲後半段努力的保護百年前的約定，置生死於度外很感動，最後騎著雷龍上天空之城打BOSS+上那張CG很有大決戰的氣氛，基本上我是默認ELF真正史啦

說一下支線吧，
木精姊弟是在討論環境問題
九尾狐那邊任務的起源是因為魔物的遷徙，然工匠城的人誤認是九尾狐那邊的火狐在作怪
水幻獸，還算感人，但沒後續...
睡魔，恩就只是個提供福利，最後還是提到因為魔物遷徙，睡魔姊妹才流浪到工匠城附近
水精:還是環境的討論
土精:土地被汙染了，依舊是環境
雷龍:因為卵被拿走了，以東北方山脈為界線的魔會擴散到出去
第八天使、第五天使:討論科技發展對環境還有對人類是否會自我毀滅的議題
基本上.... 所有支線都在為ELF路線服務，月爛線頂多說魔的擴張加劇了東方國的饑荒，LOLI路線基本上和支線無關

居然有认真探讨剧情的，感动。
大部分人都比较喜欢塞拉维线啦。

评价得很好，深得我的心意。
虽然月澜是官方钦定的女主（开场动画，之后和其他作品的联动），但是因为赛尔维线的基调更符合整个剧情的主题，也回答了诸多伏笔（环境污染，魔族入侵）的原因，所以赛尔维线更像是正史。更不要说题图就是赛尔维线终章的CG，更容易让玩家留下这样的印象。
我也很赞同你说的三线合一的想法。
其实你三线已经推完了，信息就是你看到的那些。男主父母遇到的”意外“就是被掩盖起来的刺杀事件啊。月澜姐死后（或者濒死时）是怎么和思念体结合的，故事里语焉不详......其实只是按照惯例，要有个不死/灵体系的角色，然后这里估计制作者觉得设定成月澜姐姐更有意思，有助于让月澜这个表情稀薄的角色性格变得更加丰满吧。
E社很多作品都是这样，首先决定一个比较有意思的故事主题， 然后要有各种类型的人外组成后宫，最后用”还说得过去“的理由把她们揉到这个面团里去，一道色彩缤纷的后宫套餐就制作完成了。
而国家/都市间的政治关系之类的问题，本来大有文章可做，但因为本作的主题，以及E社的制作思路等原因，如你所见并没有很认真去讲，很多城邦都市甚至只是在背景被提及一下的程度，连个角色都没登场。如果你对这方面感兴趣，可以尝试一下《魔导巧壳》。巧壳吧还有个话痨大佬可以一直陪你聊哦（小声）。

e社习惯性地往这作塞了一堆国家间的爱恨情仇，偏偏这作系统很难把这堆东西讲明白，所以就只能当他们是背景设定了。

真要做真正史，那么月爛线和loli线只能二选一，因为基友的立场是个很大的问题。月爛线如果没有基友在主角团强袭敌方阵地时带领人守卫住城市，那城市必然失守。而loli线相反，从基友到了敌方阵营中时他就不可能回来了。如果月爛线剧情在先，那么身居威尔治下高位的雷格拉没理由叛变到对面，而如果loli线在先，那么雷格拉也没可能在守城战中当主将。（不过月爛线后日谈派去支援东方国接上去倒没什么就是了）
关于结局处置问题，雷格拉是战败方，是俘虏，是背叛者，不论出发方向是什么，他都是失败者。
而东方国只是单纯在小层面上战败了而已，主角方短时间是不可能拿对面首脑怎么样的（和狐伯莲，五位一个层级，单靠主角那点人解决不了），而敌方再过段时间打下工匠都市毫无问题，换句话说，月爛线的主角方战略目的压根就不是战胜，而是单纯签订停战协定罢了。（如果主角方失败的话，那么连签停战协定的机会都没有）。
总的来说，月爛线胜利者是东方国，只不过没有达成全部的战争目的而已，但所需要的东西基本到手了。
而loli线胜利者是主角方，而且是完胜，雷格拉当然没好果子吃。

要推断剧情是否合理，不应该是你觉得不应该这样就不合理了。
我认为正确的推断方式是先假定合理并找出理由，并以此为基石去套用到整个剧情线，发现矛盾点了才能说明剧情不合理。
（也就是证明剧情不合理只能反证，否则大概率是公说公有理，婆说婆有理的无休止的纠缠了。）