假设要以事实为基础，主要由以下几点：
1、500年前战国时期，兵荒马乱，妖怪与巫女、法师互相战斗，现代和平时期，妖怪、巫女、法师不见踪影。
2、四魂之玉为巫女与妖怪灵魂的战场。
3、四魂之玉有自己的意识。
4、食骨之井对穿越者有选择性。

第一，战国与现代为一个世界，戈薇爷爷继承神社，留下了大量的传说及古老的物品，主要是四魂之玉的传说，还专门卖四魂之玉的饰品，御神木上犬夜叉的痕迹，北条家族谱上戈薇的名字，等等都可以说明500年前与现代为一个世界，那么500年间必然发生了一件大事导致妖怪与巫女法师等全部消失。

第二，四魂之玉是翠子与妖怪灵魂之间战斗形成的，从它形成来看，四魂之玉根本不能实现愿望，主角也认识到四魂之玉不能真正实现愿望，它从头到尾表现的作用就是对妖怪的增强及让死人复活。从整个漫画TV来看，明确对四魂之玉许愿的只有奈落和戈薇，奈落的愿望是桔梗的心，明显没有实现，戈薇是让四魂之玉消失，而四魂之玉的消失时被桔梗的光净化和戈薇的箭射穿，所以未必是许愿的原因。

第三，四魂之玉有自己的意识，结局四魂之玉诱导戈薇许愿，使她进入四魂之玉进行无尽的战斗。有意识就有欲望，有自己的目的，可以看到四魂之玉一直在吸收各种负面的东西作为养料强大自己。有意识就会怕死，巫女与妖怪灵魂的战斗是它存在的根基，结尾它为了继续存在就一直诱导戈薇。

第四，食骨之井对穿越者明显有选择性，只有戈薇、犬夜叉、百足妖妇、逆发结罗的头发穿越过，食骨之井明显也有意识，有意识就会对穿越者进行选择，只有符合它要求的穿越者才能进行穿越。

接下来就是大胆的假设了。
四魂之玉要壮大自己，需要巫女与妖怪的战斗，需要各种黑暗。
最初是翠子和妖怪战斗产生了四魂之玉，四魂之玉产生意识后，想要更多的巫女灵魂。
首先它盯上了桔梗，利用奈落的愿望，重伤桔梗后希望桔梗利用四魂之玉继续活着，这样桔梗以后就会变成翠子那样一直在四魂之玉中战斗，但是没想到桔梗选择死亡，带着四魂之玉一起到彼世把玉封印了500年。
然后它盯上了桔梗的转世戈薇，利用百足妖妇把戈薇带到了战国时代去与妖怪战斗，当然为了避免又被封印它先下手为强把戈薇封印了，再经过一系列事情把戈薇带入玉里，虽然失败了但目标很明确。

四魂之玉需要黑暗来壮大自己，例如战争、人心的负面等等。四魂之玉不能实现愿望，为什么会流出它能实现愿望的说法，我认为这个说法是四魂之玉自己流出的，四魂之玉产生后在妖怪间流转了很长时间，之后被除妖师交到了桔梗手中，就是在妖怪间流转的时间里，四魂之玉利用小妖怪传出了实现愿望的说法。四魂之玉能强化妖怪，妖怪力量大了自然容易实现愿望，就产生了是四魂之玉可以实现愿望的错觉。四魂之玉让你许下愿望而又不能真正实现愿望，自然产生了负面情绪等，四魂之玉就吸收这些来作为养料壮大自己。

接下来是食骨之井，开始穿越是四魂之玉的力量，结局四魂之玉困住戈薇后食骨之井也消失了，可以确定四魂之玉与食骨之井间一定有联系，甚至可以说他们是一体的或者四魂之玉控制了食骨之井。
我们来看下能穿越的人，戈薇是巫女转世四魂之玉的目标，而现代社会是和平时期没有妖怪与女巫的战斗，没有那么多负面东西，四魂之玉为了维持自己的存在为了壮大自己，就一定要带戈薇到战乱的战国时期，所以戈薇能穿越。
再看下其他的，百足妖妇是为了把戈薇带到战国才穿越，逆发结罗也一样，犬夜叉就更明显了，每次穿越都是为了带戈薇回到战国时代。
也就是说只有戈薇，以及能把戈薇带到战国的人才能穿越。

再看下结局，四魂之玉消失后，食骨之井也失去了穿越的能力，而三年后又能穿越了，戈薇又回到的战国，这里就有问题了，食骨之井恢复了力量，那么是否四魂之玉又出现了呢。
巫女与妖怪的战斗是四魂之玉存在的根基，那么是否只要还有巫女与妖怪进行战斗，四魂之玉就永远不会消失。

我们可以大胆假设，结局四魂之玉消失后，三年间妖怪人类之间一直有战斗，加上戈薇犬夜叉之间的思念，让四魂之玉又一次出现并慢慢恢复了力量，三年后食骨之井也因四魂之玉恢复了穿越的力量，戈薇回到战国与犬夜叉幸福的生活在一起，但故事还没有结束。
四魂之玉又出现了，搅起了一片腥风血雨，活着的人们终于意识到，只要女巫与妖怪继续战斗，四魂之玉就永远不会消失，要消灭四魂之玉就要消灭所有的巫女与妖怪。
巫女与大妖怪决定牺牲自己来消灭四魂之玉，以求让后代获得平静的生活。
现代没有巫女，没有法师，没有危害人间的妖怪，人们过着平静和平的生活，只有零散无害的妖怪在引导亡灵。

现代人们之所以能过着和平的生活，就是由于无数的巫女法师妖怪牺牲了自己让四魂之玉消失，所以你们不要忘记为了世界和平而牺牲的人们。