普通类平行院校志愿的投档原则是“分数优先，遵循志愿”。在投档时按考生四门科目总分从高分到低分排序并逐个投档，在依次检索考生所填A、B、C或A、B、C、D、E志愿时，只要被检索的三所或五所院校中一经出现符合投档条件的院校，即向该院校投档，该生即享受了该批次平行院校志愿投档机会，由高校决定其录取与否及所录取专业。平行志愿投档时，根据有关高校提出的调档比例，按照投档原则进行投档。对五门科目总分相同的考生，按其语、数、外三门科目分数之和从高分到低分排序并投档，如上述三门平行志愿和顺序志愿对比科目总分仍相同，则对这部分同分考生按其志愿（按从A至C或从A至E的顺序）全部投档，由高校决定其录取与否及所录取专业。对实行自主选拔录取高校确定的自主选拔录取考生，且其A志愿填报该高校，则按其A志愿投档。对高水平运动员、艺术特长生、单科优秀学生等符合投档条件的考生，分别按有关政策，并依照考生所报志愿，进行补充投档，由高校决定其录取与否及所录取专业。其中，对单科优秀考生，按其所填报平行志愿中的最后一所院校志愿投档。
投档
按普通类上线考生成绩从高到低的顺序，由计算机对每个考生所填报的平行院校志愿A、B、C 3个（提前和本科批次）或A、B、C、D、E 5个学校（专科批次）依次 检索，首先将考生档案投给考生填报的A学校，如成绩不够，则投给B学校，如此类推，只要被检索的3所或5所院校中一经出现符合投档条件的院校，即向该院校投档，档案投出则完成该考生投档过程，投档后由院校决定录取与否。如果经检索未出现符合投档条件的院校，也完成了该考生的投档过程。在每批“平行院校志愿”录取后，对该批未被录取的考生提供了又一次填报志愿的机会，即“征求平行院校志愿”。届时，将分别在每批的“平行院校志愿”录取结束后，由省招办统计并向社会公布生源未满的院校及专业缺额数，并由各市、县（区、市）招办组织本批次未被录取的考生再次填报志愿，即“征求平行院校志愿”。 “征求平行院校志愿”的投档办法按“平行院校志愿”的操作办法进行。
投档程序
①进行平行志愿的投档；
②对未被投出的高水平运动员、艺术特长生、报考非英语语种的外语专业的考生、报考民族院校的少数民族考生、单科 优秀学生等特殊考生，按照相应政策进行补充投档；
③进行平行志愿退档处理；
④向社会公布录取及未完成招生计划的院校信息；
⑤未被录取的考生填报征求平行志愿；
⑥进行征求平行志愿的投档及退档；
⑦征求平行志愿中的服从志愿投档及退档。
同意调剂
同意调剂就是你过了学校的提档线，但是你报的专业分又都不够，就会给你调剂到其他你没报的但是分数够的专业
不愿调剂的风险---这是重点
很多考生和家长认为平行志愿就是“保险志愿”，只要考分考高了，学校可以随便挑，这是完全错误的。高分考生仍然存在落榜可能。
假设某考生一本填报的4个志愿依次为复旦大学、上海财大、华东政法、上海大学，被投档到复旦大学，但复旦大学根据招生计划数，该考生因为排名靠后，同时不愿接受专业调剂，而没有被录取而被退档，考生就直接落到了征集志愿档，而无法投档到填报的其他三所院校。只要考生在每批次的首次投档中被退档，就会出现这样的情况。
-建议：考生被高校退档，主要原因是考生填报专业不当，如考生填报的专业扎堆，又不愿意接受专业调剂等。其次，还有可能是考生自身的条件不符合专业录取要求的限制。因此，考生填报志愿时，要正确评估自己的综合实力，合理搭配平行志愿。