脑洞大开一次:
第二季到现在主要有4条故事线和多条时间线:
一。德妹一条线（和黑女情节线直接交集，她们第二季见过面；和老威廉的线间接交集（放走军队的军队host被老威廉干掉）；）
二。黑女一条线
三。黑男一条线:
黑男故事线又分3条时间线
1.去山洞杀人，拿球，然后把球放到母巢的时间线
2.和女上司进研究所，解救女工程师，和女工程师一起来到母巢时间线
3.海边醒来，和雇佣军在一起的时间线
四。老威廉一条线:
醒来后先碰到老爷子附身的host，再在村庄干掉（军队host），然后碰到女儿（这条线有个特点，碰到过2次老爷子，一次是附身小男孩，一次附身小女孩，其他故事线没有。）
黑男和老威廉的情节线很有意思，黑男跨越host暴乱前，爆乱中和爆乱后，老威廉的情节线引出了人类意识的host这个点（威廉岳父）。
所以我大胆的猜测，第二季在继承第一季多时间线叙事风格的基础上，还加入了不同世界线的元素，具体分为现实世界和母巢世界。
1.德妹，黑女和黑男应该是在一个世界（也就是真实世界），因为德妹和黑女见过，德妹用火车炸山洞时，黑男和工程师妹子在母巢也经历的震动，黑男还和德妹见过。
2.老威廉是在母巢世界，他和其他三条线没有直接交集，唯一间接交集的杀了host军官，也有可能是母巢世界的host军官，导演特意误导我们的。而且他开始醒来的方式，以及第六集和女儿的交谈大象这个点上的可疑，让我更觉得他是在虚拟的母巢世界里，身边所有的人都是host，老爷子不是对他说过吗，这是为他准备的游戏。
所以第二季故事情节应该是，老威廉死于host暴乱开始时，老爷子安排黑男去研究所打印了老威廉意识的球，然后让黑男带到母巢并放进去，然后老威廉的意识在母巢世界中醒来，同时，黑男因为某种原因，丧失了这段记忆，然后开始了女上司，德妹，黑女，母巢的时间线，最后又因为什么原因丧失记忆，然后在海边醒来。
那么老爷子为什么要把威廉放到母巢里了，可能就是模拟人类的程序需要调试（进化），最终自己走出来（老威廉一直在往大峡谷走），承接第一季迷宫的主题。
而这里我分脑洞又要再开一下，可能改变醒来份不是黑男，而是老威廉意识附身的黑男。