伊萨克·牛顿不是一个讨人喜欢的人物。他和其他院士的关系声名狼藉。他晚年的 大部分时间都是在激然的争吵纠纷中渡过。随着那部肯定是物理学有史以来最有影响的 书——《数学原理》的出版，牛顿很快就成为名重一时的人物。他被任命为皇家学会主 席，并成为第一个被授予爵士的科学家。 牛顿不久就与皇家天文学家约翰·夫莱姆斯梯德发生冲突。他早先曾提供牛顿许多 《原理》一书所需的数据，后来他扣压了牛顿需要的资料。牛顿是不许别人回答“不” 字的，他自封为皇家天文台的大总管，然后迫使立即出版这些数据。最后，他指使夫莱 姆斯梯德的冤家对头爱德蒙·哈雷夺得夫莱姆斯梯德的工作成果，并且准备出版。可是 夫莱姆斯梯德告到法庭去，在最紧要关头，赢得了法庭的判决：不得散发这剽窃的著作。 牛顿被激怒了，作为报复，他就在后来的《原理》版本中系统地删除所有来自夫莱姆斯 梯德的引证。 他和德国哲学家高特夫瑞德·莱布尼兹之间发生了更严重的争吵。莱布尼兹和牛顿 各自独立地发展了叫做微积分的数学分支，它是大部分近代物理的基础。
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伽利雷·伽利略可能比任何其他的人更有资格称为近代科学的奠基人。其与天主教会名闻遐 迩的冲突是他哲学的中心事件。这是因为伽利略是作如下论断最早的人之一：人类有望 理解世界是怎样运行的，而且我们还能通过观察现实世界来做到这一点。 伽利略很早就相信哥白尼理论（即行星绕太阳公转），但只有当他发现了证据来支 持这一学说时，才公开表示支持。他用意大利文写有关哥白尼理论的文章（没有用普通 的学院式拉丁文），并且他的观点很快就广泛地得到大学界之外的支持。这惹怒了亚里 士多德派的教授们，他们联合起来反对他，并极力说服天主教会禁止哥白尼主义。 伽利略为此而担心，他赶到罗马去向天主教权威当面申诉。他争辩道，《圣经》并 未试图告诉我们任何关于科学理论的东西，通常都是假定，当《圣经》和常识发生矛盾 时，就成为比喻。但是教会害怕这丑闻可能伤害它对新教徒的斗争，所以采取了镇压的 手段。1616年，它宣布哥白尼主义是“虚伪的、错误的”，并命令伽利略不准再“保卫 或坚持”这一学说。伽利略勉强接受了。
1623年，伽利略的一位长期朋友成为教皇。伽利略立即试图为1616年的判决翻案。 他失败了，但他设法获得了准许，在两个前提下写一本叙述亚里士多德派和哥白尼派理 论的书：他不能有倾向，同时要得出结论，人类在任何情况下都无法决定世界是如何运 行的，因为上帝会以人类不能想像的方法来达到同样的效果，而人类不能限制上帝的万 能。 这本题为《关于两个主要世界体系的对话》的书，于1632年在检查官的全面支持下完成并出版了，并且立刻被全欧洲欢呼为文学和哲学的杰作。不久教皇就意识到，人们把这本书看作是确认哥白尼主义的论证，后悔允许该书出版。教皇指出，虽有检查官正 式批准出版该书，但伽利略依然违背了1616年的禁令。他把伽利略带到宗教法庭面前，宣布他终身软禁，并命令他公开放弃哥白尼主义。伽利略又第二次被迫从命。伽利略始终是一个忠实的天主教徒，但是他对科学独立的信仰从来未被动摇过。1642年，即他逝世前4年，当他仍然被软禁时，他第二本主要著作的手稿被私下交给一个荷兰的出版商。正是这本被称为《两种新科学》的书，甚至比支持哥白尼更进一步，成为现代物理学的起源。
阿尔贝特·爱因斯坦和核弹政治的瓜葛是众所周知的：他签署了那封著名的致富兰克林·罗斯 福总统的信，说服美国认真考虑他的想法，并且他在战后从事阻止核战争的各项努力。 但是，这些不仅仅是一位科学家被拖入政界的孤立行动。事实上，爱因斯坦的一生用他 自己的话来说是“踌躇于政治和方程之间。” 爱因斯坦最早从事政治活动是在第一次世界大战，当时他在柏林当教授。由于目睹 草菅人命而不胜厌恶，他卷入了反战示威。他拥护国内反抗以及公开鼓励人民拒绝征兵， 因而不讨他的同事们喜欢。后来，在战时他又致力于调解和改善国际关系。这也不得人 心，而且他的政治态度很快使他难以访问美国，甚至连讲学都有困难。 爱因斯坦第二个伟大的事业是犹太复国主义。虽然他在血统上是犹太人，但他拒绝 《圣经》上关于上帝的说法。然而，第一次世界大战之前和期间，他越发看清反犹主义， 这导致他逐渐和犹太团体相认同，而后成为一个直言不讳的犹太复国主义的拥护者。再 度不受欢迎也未能阻止他发表自己的主张。他的理论一发表就受到攻击，甚至成立了一 个反爱因斯坦的组织。
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