二章——封印女神与再生之卵

神明厌倦了这漫长的等待，决定以自己的意志来干预人类的命运，于是降灵在了One弟的曾孙玛娜（Manah）身上，玛娜作为神的使者，天使教会的主教，操控天使教会组成帝国军去破坏封印，然后最终的目的是杀害女神，而神也不用承担不守承诺的风险。
龙背上的骑兵一代的故事基本都在1099年这一年发生的，以凯姆为首的联合军与天使教会（神）操控的大部分由红眼病组成的帝国军常年征战，凯姆为联合军队长，其好友尤巴鲁特是凯姆妹妹芙莉叶（Furies）的未婚夫。
因为红眼病赋予人强大的力量以及失去痛感的肉身，所以联合军节节败退，终于帝国军攻打到了隐藏女神城堡的面前，而身为女神的哥哥凯姆（Caim），正在浴血奋战拼了命的去救妹妹，但是在敌人强大的攻势面前，哪怕英勇如凯姆（Caim）也全身负伤眼看着就要支撑不住了，无意间跑进了一个偏僻的城门内，发现了一条被帝国军残忍折磨用铁链锁在地上的红龙，凯姆（Caim）想到了双亲被黑龙杀害的场面，决定要杀掉眼前的红龙，可是当看到面前龙的眼神和想到妹妹此时还面临危险需要帮助的时候，凯姆决定和红龙签订契约，红龙答应了，联系DOD3的契约和这次契约，可以推测出，签订契约必须要牺牲自己最重要的某个东西，凯姆（Caim）则是以自己的声音为代价和红龙安吉尔（Angel）签订了契约。
获得红龙力量后的凯姆（Caim）如天神下凡般一路势不可挡冲到了妹妹的面前，万幸的是妹妹还没有被帝国军找到，这场战争之后，联合军终于取得了一次胜利，士气大涨。但是在后来的某次战争中，凯姆的好友尤巴鲁特被帝国军的人抓走了，神使貌似发现了一件好玩的事情，因为它在尤巴鲁特的内心深处看到了一颗仇恨的种子。

原来尤巴鲁特是从小就和凯姆一起长大的玩伴，但是无论做什么事尤巴鲁特都不如凯姆，所以他一直觉得自己很自卑，后来喜欢上了凯姆的妹妹芙莉叶（Furies），而妹妹也告诉了尤巴鲁特她喜欢自己，于是尤巴鲁特成为了芙莉叶（Furies）的未婚夫，可是后来因为妹妹被选为第13代封印女神，尤巴鲁特只好收起了自己的心意。
因为在一起生活了很久，尤巴鲁特看出来原来芙莉叶喜欢的是她的哥哥，只是因为伦理关系才压抑住对哥哥的爱和欲望，对尤巴鲁特说喜欢他，至此，尤巴鲁特的心中终于埋下了名为嫉妒和仇恨的种子。神利用了这一点很轻松的就控制了他，此时的尤巴鲁特应该是黑化了，在神的帮助下与黑龙签订了契约，代价是自己引以为傲的歌声，重新来到了凯姆的面前，在黑龙的帮助下很轻松的就打败了凯姆，夺走了芙莉叶（Furies），带到了玛娜（神使）的面前。
失去了妹妹的凯姆决心要救回妹妹，在途中经过数次战斗后，红龙进化了。最后经过一场激烈的大战，打败了尤巴鲁特与黑龙，来到了玛娜的天使教会，见到了被困在教会中的妹妹。
见到了凯姆，玛娜告诉凯姆自己拥有读心术，当着凯姆的面揭露了妹妹心中隐藏的秘密，原来芙莉叶一直喜欢凯姆，一直想和哥哥的关系打破那层禁忌，可是由于种种关系只能一直埋在心里，如今被神当着哥哥的面揭穿，芙莉叶慌忙的望向哥哥，但是凯姆的神情显然非常惊慌，一副不可置信的样子扭过头去（其实他之前已经了解到了妹妹的心意），芙莉叶看到哥哥的这个样子顿时绝望了，从祭品台上拿起刀子，最后望向向自己跑来的哥哥说“请不要看我.....肮脏的.....”然后插入了自己的心脏。
看着妹妹就在自己面前自杀而来不及阻止，凯姆突然醒悟了，愤怒的望向玛娜，玛娜使用神之力将身体变得无比庞大，又是一场激战，最终凯姆加上红龙的力量打败了玛娜。

但是由于这一代的封印女神是因为非自然原因死亡，神的目的也终于也达到了，开始了灭世的前奏，天空变得血红，无数巨婴从天而降，吞食这这片大地上的生灵，在巨婴中还有一个身体无比巨大的母体躺在那里，不断侵蚀着这个世界。
过了很长一段时间，看着源源不断的巨婴从天而降，人类即将陷入灭绝的危机，凯姆决定和红龙一起冲向母体的体内杀掉它，但是母体似乎正在准备着传送回过去的时空，将病毒传播的更彻底好毁灭人类，由于凯姆和红龙的干涉，时空发生了扭曲，他们和母体一起被传送到了未来的时空…..
2003年6月12日下午3时，地点：日本，新宿上空突然出现巨大的不明飞行物，成为迷之巨人与红色飞龙事件。
“这就是神的国度吗？”红龙吃惊的望向下方的城市，随后，目光转向了和他们一同传送过来的巨大母体，伴随着人们的尖叫声、呐喊声中、警报声，顿时新宿整座城内一片混乱。在数不清伤亡多少、摧毁掉多少建筑物后，凯姆和红龙终于打败了巨大的母体，后来历史将这一天记载为6.12事件。
“终于结束.....”“轰”！！！
就在这时，两枚导弹轰向了红龙，瞬间凯姆全身粉碎消失，而红龙直接从空中掉落，最后的尸体插到了东京塔尖上面，DOD1的剧情就在这里结束了。

三章——黑白之书与形态计划

2003年12月，怪病感染者出现，得此病的人全身渐渐的盐化成白色，致死率100%，原因暂且不明。后来感染者中出现了性格变得凶暴的人，凶暴化的人类持续扩大，有重要人物在新宿遭到凶暴化的白盐化症候群暴徒袭击死亡，新宿区的危机等级被判为最高级。
2004年10月，新宿封锁计划实施，在周边设立了巨型墙壁，实行物理性封锁。后称耶利哥之墙。在设立墙壁封锁后，白盐化症候群感染暂时放缓，自卫队持续驱逐凶暴化的人类，凶暴化人类数量呈减少趋势。后来针对白盐化症候群的研究结果提交至政府，结论是白盐化症候群是吸入龙的残骸中发现的粒子“魔素”后感染的疾病，而魔素来源于红龙与母体战斗后携带至身上的。
而导致死亡还是凶暴化的决定因素来自于基因层面，结果认为持有一部分轻度异常染色体的的人凶暴化程度可能性较高，后续发现这是个错误结论。（在非正式设定里，白盐化症候群
是来自异世界的神之诅咒，不违抗神之诅咒，愿意毁灭世界的人将变成魔物，而违抗的人则会白盐化死亡）
2008年，耶利哥之墙被从内部破坏，当破坏时有人目击到红眼怪物带领着大量白色魔物有序的组织化作战，自卫队节节败退。
同年10月，日本全土战场化，因病死亡，凶暴化的人数增多，日本全境陷入困境，事态演变成其他国家对于来自日本的入境政策将被拒绝。为了应对如此局面，美国与日本商讨后决定对日本进行核打击，日本国内意见呈两极分化，但国际舆论倾向赞成。
第二年8月6日，以新宿为开端，运用核武器的攻击正式展开，日本全境化作焦土。3个月后，通过科学验证，确定全体魔物被歼灭。

一年后，中囯出现凶暴化个体袭击人事件，紧接着，世界各地发现白盐化症候群症状，死亡与凶暴化蔓延至全世界，被认为已经灭绝的红眼病也确认重新出现，全世界陷入混乱中。后经证实，魔素导致的白盐化无法通过热核攻击等物理手段消灭，讽刺的是，正是因为这次核打击，将魔素扩散至了全世界，导致全球规模的白盐化症候群感染。
2014年，为了应对白盐化症候群感染的计划Gestalt计划正式启动，将人类灵魂分离并Gestalt化的技术初步人体实验成功。期间为了对抗红眼病统领的怪物，日本国秘密制造了实验兵器6号与7号，他们均为非法的人体改造实验人。
在经过多年无数次实验与不断改进后，Gestalt计划终于迈向了最终阶段，简单的来说，Gestalt计划就是为了防止白盐化症候群将人类的身体和灵魂分离，将全人类Gestalt化后，将所有复制体/Replicant中的意识清除，植入讨伐怪物的系统活动目的，由Replicant负责清理白盐化症候群和怪物，（因为没有灵魂的身体不会感染白盐病）等到世界从疾病的危机中解脱之后，再将所有的Gestalt还原至Replicant内，将人类的火种延续下去，就是这样。
但是由于计划需要大量的预算，此时能进行Gestalt化的只限于少数上流阶级的人类，为了保险起见，作为Gestalt计划的管理者，在世界各地配置了能够半永久运行的Android（人造人也就是Devola和Popola型号），管理这些复制人/Replicant。但是他们还是不放心，又设立了最后一道保险，制造了以黑，白之书为首的13本封印之书，当黑，白之书融合时，可以将所有的灵魂/Gestalt还原至身体内的“黑之书计划”立案。
但是令政府没有想到的是，经过Gestalt化后的灵魂，在经过一段时间后，会有很高的几率丧失自我凶暴化，成为崩坏体，同时发现在经过一段时间后，必定会导致死亡。通过分析后的结果得出，要想维持Gastalt的安定，需要Gastalt后仍然能维持稳定的个体提供魔素，将这些魔素提供给不稳定个体才能暂时维持稳定。于是世界净化机关为了寻找安定的个体，将黑之书复制成无数份，发放给穷人们，来寻找稳定的个体。

尼尔1代的剧情就从这里开始了，生活贫困的尼尔（Nier）被欺骗说可以治疗妹妹尤娜（Yonah）的疾病而参加了实验，但是在目睹周围的人逐渐变为崩坏体发觉到了实验的危险性，于是带着妹妹从机关逃了出来，躲到了新宿的一所超市中。有一天，超市也遭到了崩坏体的袭击，在数量众多的崩坏体面前，尼尔（Nier）为了保护妹妹决定赌一把触碰了黑之书选择Gestalt化，没想到的是尼尔（Nier）竟然成功了，以非常稳定的状态完成了Gestalt化。
获得力量后的尼尔打败了周围的崩坏体，回到妹妹面前，但是妹妹竟然也被Gestalt化了，Gestalt后的尤娜（Yonah）显然非常的不稳定，面临崩坏的危险，尼尔每天不断的为妹妹提供稳定的魔素，才使得妹妹能够稳定下来，然而这终究不是办法，在后来的某一天，政府发现了Gestatl后仍然保持稳定的尼尔（Nier），发现了尼尔的情况，便向尼尔提出一个条件作为交易，他们可以帮助尼尔免费冻结尤娜（Yonah）1000年，1000年后世界将不存在疾病，到时候实行“黑之书计划”将所有的Gestalt回归到Replicant身体内，但是作为交换，尼尔需要提供自身稳定的魔素，来让其他崩坏体稳定下来，尼尔只好答应了。

1000多年过去了…..
Replicant尼尔带着Replicant妹妹被某村落所救，于是住到了这个小村庄里，村子里有两位管理者名叫Devola和Popola，是双胞胎姐妹，在尼尔成长的过程中的两姐妹一直在默默地帮助着尼尔和尤娜兄妹两人，对于尼尔来说，Devola和Popola姐妹就像亲姐姐或者妈妈一样。
在这1000年中，一开始只被植入了清除白盐化症候群意识的复制人Replicant，却在这1000年中不断的萌生出了自己的意识，一开始只是如同婴儿一般的意识，后来急剧发展，渐渐的几乎所有的复制人Replicant都拥有了接近成人般思考的意识。
又过了几百年，白盐化症候群在世界上终于消失了，受世界净化完成的影响，沉睡了千年的Gestlat开始觉醒了，但是，在获得自我意识的复制人Replicant看到Gestalt后将它们视为魔物，认为它们是想要抢夺自身肉体的敌人。Gestalt与Replicant的冲突开始日益白热化，于是Gestlat决定实行最后的手段“黑之书计划”。
持续提供了1000多年魔素的Gestalt尼尔意识到这样下去Gestlat尤娜是恢复不了的，于是取得了黑之书正本准备与白之书融合， 准备启动最后的“黑之书计划”让所有的Gastlat回归体内。另一边，作为管辖复制人Replicant而制造的人造人Android，Devola与Popola姐妹根据管理人员当年设定好的程序，视Gestalt尼尔为救世主，协助他开始行动。

在姐妹刻意的引导下，告诉Replicant尼尔白之书可以拯救世界。接着Replicant尼尔找到了白之书，可是找到的白之书似乎是残缺的，丢失了几页，处于失忆状态，于是又开始了寻找其他残页的旅途。在旅途中，Replicant尼尔结识了被魔物附身半人半魔的凯妮Kaine，和被政府暗地里作为兵器人体改造的最终兵器6号-艾米尔Emil。
最终，Replicant尼尔终于收集齐了白之书残页，但是遇到了非常强大的崩坏体，经过一场大战后情况对他们还是不利，凯妮决定牺牲自己，将自己全身石化把崩坏体封印在了房间内，这时，Gistalt尼尔出现了，带着黑之书来与白之书融合，集齐残页的白之书此时记忆也已经恢复了，它想起了自己的使命，但是在与黑之书融合的过程中，白之书的感情出现了波动，想起了在失忆的这些年与尼尔，凯妮，艾米尔它们产生的羁绊，最终放弃了融合。
Gistalt尼尔看到此情境，也放弃了黑之书计划，强行带走了Replicant尤娜，此时的Replicant尼尔完全不是对手，只能眼睁睁的看着妹妹被“陌生人”带走。
沉浸在失去妹妹的痛苦里，Replicant尼尔在这几年时间内疯狂猎杀“魔物”，磨练自己，5年后，收到了来自艾米尔Emil的一条信息，说他有办法解除凯妮的石化了。根据艾米尔Emil的介绍，得知原来和艾米尔Emil一起被作为兵器改造的还有他的姐姐，但是姐姐已经变成了丧失自我，失去人类面貌的怪物了。如果可以吸收姐姐庞大的魔力，那艾米尔Emil就有办法解除凯妮的石化。
但是在吸收的过程中出现了未知的错误，艾米尔的身体和姐姐同化了，虽然魔力已经吸收，但是样貌也变成了姐姐的那副怪物模样，经过尼尔和凯妮的安慰，艾米尔终于鼓起勇气坦然的面对自己的新面孔。终于，他们来到了Gestalt尼尔的魔王城，准备打倒“魔物”救回妹妹。

然而，摆在尼尔面前的是一个残酷的事实，Devola与Popola姐妹突然出现，并站在了Replicant尼尔的面前阻挡着他们的去路，毫不知情的Replicant尼尔惊讶的望着姐妹两人，“为什么，为什么？？？”
Devola与Popola没有说什么，他们监督Replicant尼尔的任务失败了，此时为了Gestalt尼尔，决定回收Replicant尼尔的身体，但是Replicant尼尔此时已不同于往日了，虽然不情愿，但是在充满杀意姐妹的面前，最终还是杀掉了姐姐Devola。愤怒的妹妹Popola失控了，以献祭自己的力量制造出了一枚黑洞，将尼尔三人吸收了进去，眼看着黑洞就要坍塌爆炸，艾米尔看向尼尔与凯妮，“能遇到你们，我很开心，和你们在一起的这些日子，是我最快乐的时光…..”
说完，用尽浑身魔力，将尼尔与凯妮送出了黑洞的范围，自己被吸了进去….
终于，黑洞收缩，整个空间发生了强烈的爆炸，痛心疾首的尼尔与凯妮强忍着不舍，迈向了魔王城最顶层…
推开门，看到的是躺在床上的妹妹和站在身边的魔王（Gistalt尼尔）。在失去艾米尔的愤怒和救回妹妹的心切中，Replicant尼尔爆发出了比平时更强的力量打败了Gestalt尼尔，在剑即将斩下的那一刻，尤娜终于醒来了，（因为没有使用黑白之书的力量，所以用了5年时间才觉醒）看到眼前躺在地上的哥哥，尤娜对着哥哥说
“对不起，哥哥，尤娜已经不需要其他人的身体 不想要…”
“这个身体里，已经有另一个女孩子了 ..”
“他一直在哭泣，一直在说想要见哥哥…”
“这个女孩子好像也很喜欢哥哥呢”
“和尤娜一样啊 但是见不到是多么可怜啊”
...
...
“对不起…哥哥…对不起.. 对不起..”
“对不起 …哥哥… 最喜欢了..
说完走向了窗台，站到了阳光下面（灵魂体遇到阳光是会直接消散的），于是，真尤娜（Gistalt Yonah）永远的消失了。

为了妹妹守护了1000多年的真尼尔（Gistalt Nier）看到妹妹刚醒来又忽然消失了，绝望、伤心、愤怒、不甘，看向了身边的“自己”。然而，经过一番大战，还是不敌我们的主角，假尼尔啊，呵，此时仍不知情的假尼尔看着被击倒在地上的魔王，摇了摇头，一刀砍了下去…..
过了很久很久，一片未知的地区，一颗圆形的铁球从天上掉了下来….
“呀，疼疼疼疼疼”
“好像被炸飞到了远的不得了的地方呐.....”
“不过，真不愧是姐姐的身体呐，硬到了想死都死不了的地步..…”
“好…好歹还算能移动….对于一个只剩脑袋的身体来说..”
“大家，现在都在哪里呢…..？”
“凯妮小姐和小白…希望没有吵架吧…..”
“那两个人要是没有我在的话.....”
“真想早点和大家见面呀”
我一直很好奇横尾太郎会用怎样的方式在下一部作品中虐主角和玩家们，这家伙真的虐人都不带重样的。03年龙背三的剧情着实震惊了众人一把，也许那些年横尾积累的怨气太大了吧，所以在DOD3中尽情的胡闹了一番。然后再到玩家通关尼尔一代剧情后会觉得这TM就是一个笑话啊，当我们最后那把剑落下的时候，其实就代表着人类已经毁灭了，而我们从一开始练级刷怪的魔物才是真正的人类，我们把自己当作正义的玩家疯狂屠杀着人类，我们把自己当作正义的人类阻止着Gestalt回归Replicant，我们把自己当作正义的骑士打倒了魔王，我们把自己当作英雄而最终导致了人类的灭亡。
沟通是这部作品最大的悲剧，复制人Replicant与灵魂体Gestalt之间是无法用语言沟通的，这也就注定了最后的结局会成为悲剧。而最讽刺的是，一周目我们和尼尔一样听不到Gestalt在说什么，总以为只是“怪物们”死亡时发出点哀鸣罢了。二周目开始，我们站在了上帝视角，主角们听不到的，看不到的Gestalt们的对话与心声，就在屏幕前完整的醒目的摆在我们的眼前，当我们终于意识到自己到底做了什么事的时候，却还要操纵着毫不知情的主角再继续做一遍曾经做过的每一件事，我只能骂一句，横尾太郎，你真他娘的是个人才。
黑，太黑了…

终章——这世界竟然如此美丽

由于失去了Gestalt尼尔的魔素供给，地球上的Gestalt开始逐渐的崩坏，其实这种结局早已注定了，终于在4198年，Gestalt灭绝，最后一名人类死亡了。
在人类灭绝后，人类灭亡的消息被严密封存，但最终还是泄露出去了，当得知此消息时，Android/人造人士气极具跌落，因为他们被制造出来的意义就是为了保护人类，如今伴随着最后一名人类的灭绝，人造人们也觉得自己失去了存在的意义。
5012年，世界各地突然出现不明飞行物（外星人）来袭，Android伤亡惨重，陷入劣势的Android组建了人类军，统一联络网，在近100年的时间内进化成了庞大的联合军队。
另一边，为了应对Android沉浸在失去存在的意义的情况，（YorHa Project）计划便诞生了，所谓YorHa计划便是欺骗地球上所有的Android，谎称它们人类其实还存活着，只不过躲到了月球上，然后在月面建立通讯设施，并且不断的向地球上的Android发送通讯，我们游戏时经常能听到“来自月球表面的通讯…..”其实都是假的。

计划之二：建立YorHa部队计划，为了得到与侵占地球的机械生命战斗的资料，第一批YorHa测试型号投入使用，它们唯一的使命就是收集战斗的资料，然后资料会被返回，然后它们的使命就算完成了，就被废弃了，A2就在这批测试型号里面。
计划之三：当收集到了足够的战斗数据后，太空堡垒的后门将会自动开启，太空堡垒将会被废弃，同时，所有关于YorHa计划包括此信息将会被销毁，确保人类仍生存在月球上这个骗局永远的留在Android的记忆里。
后来发生了什么想必大家现在也都知道了，所以后来9S才说出了“我们YorHa没有权利留在这个世上”“我们YorHa不配被这个世界所爱”，多么心酸的选择啊，无论你选择哪个，其实结局早已摆在那里，由不得你。