所谓整体医学其实是相对于现代主流的以还原论和循证原则为基础、采用公理化研究方法、以实验分析为特征、将人体按照解剖学的器官系统分科、分类进行研究和临床治疗的西方医学而言的。
“整体医学”这个名词不论是在古希腊、古印度还是古代中国，均已有之。但现代整体医学则是基于复杂性科学的理念与方法，将古代传统医学的整体观念与现代科学的实证方法有机结合的全新的医学体系。
现代整体医学超越了现代科学发展的初级阶段——牛顿力学阶段，即简单科学阶段，以循证原则和还原论为基础的当前西方医学的主流发展模式，是与现代科学文化发展最新理论——量子引力阶段相吻合的未来医学发展的方向。
整体医学的思想基础是整体论，方法是实用化研究方法。整体医学将人看做一个整体，其五脏六腑功能之间是相互联系相互制约的，人的任何一种状态都是脏腑功能相互作用的合力的一种结果、一种外现。整体医学不但将人看做一个整体，而且将人看做自然界的一份子，即所谓的天、地、人三才三位一体，自然环境的变化影响着人的健康和生存状态，人类的活动也影响着自然的状况，自然与人之间的影响是互动的。这也是以东方科学文化为基础的中国传统医学的核心理念。
我们都知道，平面几何是二维的，立体几何是三维的。用二维的视角或观点去看三维，总是无法全面的理解，但从三维去看二维就是小儿科，同理，从二维或三维的角度去看四维的事物就更像看天书一般，而从四维去看三维、二维就像是盘豆芽菜。整体医学理念与现代医学最大的不同就是加上了时间的概念，就是一切事物都是发展变化的，生命尤其如此！时间，这个谁也无法抗拒的影响世界万事万物的力量，现实世界中最司空见惯的存在，却恰恰被现代主流医学思想给淡化或忽略了，这也就注定了现代主流医学思想的致命缺陷。
现代主流医学强调形态结构，注重证据（循证原则），但用现代技术无法证实的存在就不存在的结论显然是荒谬的，用形态结构去推演功能也是不靠谱的。世界是普遍联系的也是变化发展的，世界上小到原子分子，大到太阳系，都是以圆运动的形式存在的，无机物如此，有机物、动物、植物、家庭、社团、国家无不如此。周而复始的圆就会重复，重复就有规律，有规律就可以推演就可以预判，预判就可以帮助人们做出选择！现在，人们成天鼓吹全球气候变暖，北极冰面在缩小，说是人类的污染、排放使大气臭氧层变薄，造成了温室效应云云，可笑！地球上春夏秋冬，宇宙也会有春夏秋冬，只不过周期更长而已，别忘了亿万年前，地球是经历过漫长的冰川期的，现在地球进入了宇宙的春季或夏季，气温逐年增高有什么不可能呢？一个人的一生会经历N个春夏秋冬，但可能几代人都只能活在宇宙的某一个季节里，这就是自然的神奇，自然的魔力。
人在自然面前永远都是渺小的，我们只能适应自然但永远都不可能从根本上改变自然、驾驭自然！人类的一切知识都是为了认识自然、顺应自然，当然也包括医学。所以谁更贴近自然，谁就更符合实际，谁就更科学。整体医学与现代主流医学思想的差别就在于此。