从2004中超元年开始，申花队先后三次出击亚冠赛场，最好的成绩，就是在2006赛季打进亚冠八强。不过，综观申花队征战亚洲赛场的历史，虽然有过4比3战胜鹿岛鹿角这样的经典战例，也打过1比0战胜韩国全北现代队的硬仗，但是在输球的历史上，来自东南亚那些所谓“鱼腩部队”给申花留下的屈辱，却更让人刻骨铭心。
　　在申花队征战亚洲的33场比赛中，与来自韩日的球队共交手18次，成绩为6胜4平8负，虽然稍落下风，但总体上绝非无法抗衡。而在亚冠赛场上，在与东南亚球队的比赛中，申花队虽然只输过四次，但次次都是致命的。
　　2002年的亚冠东亚区资格赛中，申花队在第三轮首回合比赛中1比3输给印尼佩特罗奇米队，好在回到主场后5比1翻盘成功，顺利晋级下一轮。不过，到了2004年，申花的运气就那么好了，首战1比4负于泰国BEC萨萨纳队，接着又连续输给韩国全北现代和日本的磐田朱比洛，小组赛刚刚打到一半，就彻底失去了出线希望。而这也是BEC萨萨纳队在一年之内，第二次战胜申花队了。上一次，是在2003年的亚冠东亚区决赛阶段小组赛，当时BEC萨萨纳2比1战胜了申花，一脚将申花踢出亚冠。
　　2007年，申花队再次获得参加亚冠联赛的资格。首战1比2输给澳大利亚悉尼FC队后，申花一心要拿下印尼佩西克队，保住小组出线希望，但最终他们在客场0比1负于对手。虽然在回到主场后，申花6比0痛宰佩西克，但那已经是小组赛最后一场，已经无法改变申花队小组垫底的命运了。
　　2009再战亚冠，首轮对手是来自新加坡的军团队，申花要做的，就是不要让阴沟翻船的事情再次发生。