GROMACS和AMBER的分子动力学课程！！！
主讲老师：中国科学院大学，中科院病毒所和清华大学三位专家联合主讲。
时间：2017年11月13号-26号 地点：北京航空航天大学
费用3300元每人，发票可开：培训费，资料费，会议费等。
详情咨询康老师：1608279788（QQ） 15311528166（电话）
课程安排
学员注册报到，领取培训资料
分子动力学原理
答疑解惑，互动讨论
课程1 Linux基础
1.1 Linux系统简介
1.2 Linux操作基础
课程2 AMBER软件简介
2.1 编译安装
2.2 软件应用
课程3 模型文件的预处理
3.1 模型来源简介
3.2 蛋白文件简介
3.3 蛋白预处理
3.4 小分子预处理
3.5 AMBER力场简介
3.6 拓扑文件、坐标文件简介
3.7 top、crd文件的生成
3.8 tleap的操作
AMBER实例：蛋白-配体复合物的预处理
课程4 能量优化、分子动力学模拟
4.1 能量优化、分子动力学方法
4.2 输入文件的编写
4.3 运行分子动力学模拟
AMBER实例：能量优化、分子动力学模拟
课程5 水溶液中建模
5.1 生成TOP文件以及参数说明；
5.2 建立周期边界盒子以及溶剂化；
5.3 添加平衡离子
GROMACS实例：多肽在水溶液中建模
课程6磷脂双分子层中建模
6.1 生成TOP文件以及参数说明；
6.2 建立周期边界盒子以及溶剂化；
6.3 添加平衡离子
GROMACS实例：多肽在磷脂双分子层中建模
课程7 结合自由能计算
7.1 结合自由能计算原理
7.2 输入文件的编写
7.3 运行MM/PBSA计算
7.4 输出介绍
AMBER实例：结合自由能计算
课程8 结合自由能分解
8.1 结合自由能分解原理
8.2 输入文件的编写
8.3 运行MM/GBSA计算
8.4 输出介绍
AMBER实例：结合自由能分解计算
课程9 分子动力学轨迹分析
9.1 获取数据
9.2 RMSD分析
9.3 RMSF分析
9.4 氢键分析
9.5 其他关键词及研究方法
AMBER实例：分子动力学轨迹分析
课程10 能量优化、分子动力学模拟
10.1 能量最小化；
10.2 NVT, NPT平衡计算；
10.3 长时间模拟
GROMACS实例：模拟多肽在水溶液中，模拟多肽在磷脂双分子层中
课程11 分子动力学轨迹分析
11.1 RMSD分析
11.2 cluster分析
11.3 distance分析
AMBER实例：分子动力学轨迹分析
主讲老师：中国科学院大学，中科院病毒所和清华大学三位专家联合主讲。
时间：2017年11月13号-26号 地点：北京航空航天大学
费用3300元每人，发票可开：培训费，资料费，会议费等。
详情咨询康老师：1608279788（QQ） 15311528166（电话）
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分子动力学原理
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课程1 Linux基础
1.1 Linux系统简介
1.2 Linux操作基础
课程2 AMBER软件简介
2.1 编译安装
2.2 软件应用
课程3 模型文件的预处理
3.1 模型来源简介
3.2 蛋白文件简介
3.3 蛋白预处理
3.4 小分子预处理
3.5 AMBER力场简介
3.6 拓扑文件、坐标文件简介
3.7 top、crd文件的生成
3.8 tleap的操作
AMBER实例：蛋白-配体复合物的预处理
课程4 能量优化、分子动力学模拟
4.1 能量优化、分子动力学方法
4.2 输入文件的编写
4.3 运行分子动力学模拟
AMBER实例：能量优化、分子动力学模拟
课程5 水溶液中建模
5.1 生成TOP文件以及参数说明；
5.2 建立周期边界盒子以及溶剂化；
5.3 添加平衡离子
GROMACS实例：多肽在水溶液中建模
课程6磷脂双分子层中建模
6.1 生成TOP文件以及参数说明；
6.2 建立周期边界盒子以及溶剂化；
6.3 添加平衡离子
GROMACS实例：多肽在磷脂双分子层中建模
课程7 结合自由能计算
7.1 结合自由能计算原理
7.2 输入文件的编写
7.3 运行MM/PBSA计算
7.4 输出介绍
AMBER实例：结合自由能计算
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8.1 结合自由能分解原理
8.2 输入文件的编写
8.3 运行MM/GBSA计算
8.4 输出介绍
AMBER实例：结合自由能分解计算
课程9 分子动力学轨迹分析
9.1 获取数据
9.2 RMSD分析
9.3 RMSF分析
9.4 氢键分析
9.5 其他关键词及研究方法
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课程10 能量优化、分子动力学模拟
10.1 能量最小化；
10.2 NVT, NPT平衡计算；
10.3 长时间模拟
GROMACS实例：模拟多肽在水溶液中，模拟多肽在磷脂双分子层中
课程11 分子动力学轨迹分析
11.1 RMSD分析
11.2 cluster分析
11.3 distance分析
AMBER实例：分子动力学轨迹分析
