lefse分析吧 关注:84贴子:146

回复:最近有几位吧友遇到一些问题,我这开个帖子同一解答下

只看楼主收藏回复


请问楼主这是什么情况,一直上传不了


18楼2018-04-12 21:40
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    看见你这个“等绿了我在。。。。”实在是想笑。。。特来回复一下 哈哈哈


    19楼2018-04-19 10:46
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      2025-10-13 05:21:16
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      楼主你好,最近也在做这个,上传文件一直不行,提示有误,该咋办?我都快崩溃了....


      20楼2018-05-06 22:15
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        楼主,为你点赞,我的数据还没有变绿


        21楼2018-05-10 22:21
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          你好,请问上传你的文件格式一定要xlsx吗


          IP属地:广东22楼2018-05-13 18:04
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            请问上传显示504网关错误怎么解决呢


            IP属地:江西来自Android客户端23楼2018-05-24 15:08
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              大神,上传的数据格式您两个帖子里的不同诶?这个真的没关系吗?有详解吗?


              24楼2018-08-27 16:55
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                请问楼主,你的这个数据是相对丰度吗?然后第一列的物种信息是每一个OTU对应的吗?bacteria这一行后面的数据是怎么得到的呢?
                特别期待你的答复


                25楼2018-11-01 11:25
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                  2025-10-13 05:15:16
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                  请教一下我在LEfSe分析时遇到的问题,LDA的bar所对应的的分类群有些是空白的。这样的问题该怎么解决呢?数据已经进行了去零处理,但结果依然不能使LDA的bar所对应的所有类群显示出来。请教一下!


                  26楼2019-07-21 20:42
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                    请教一下我在LEfSe分析时遇到的问题,LDA的bar所对应的的分类群有些是空白的。这样的问题该怎么解决呢?数据已经进行了去零处理,但结果依然不能使LDA的bar所对应的所有类群显示出来。请教一下!


                    27楼2019-07-21 20:51
                    回复
                      楼主 输入文件怎么做的呀


                      IP属地:黑龙江28楼2019-12-21 10:41
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                        你好,我想问一下,为什么LDA会有负值


                        IP属地:北京来自手机贴吧29楼2020-05-15 21:37
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                          请问第二步LDA分析报错怎么解决:
                          /galaxy_venv/local/lib/python2.7/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:185: RRuntimeWarning: Error in (function (file = "", n = NULL, text = NULL, prompt = "?", keep.source = getOption("keep.source"), :
                          <text>:1:373: unexpected input
                          1: s + Erythrobacter + Aeromicrobium + Renibacterium + Anaerosalibacter + Parvibaculum + Lachnospiraceae_NC2004_group + Finegoldia + Phascolarctobacterium + Ancylobacter + uncultured_bacterium_f_
                          ^
                          warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
                          Traceback (most recent call last):
                          File "/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/george-weingart/lefse/a6284ef17bf3/lefse/run_lefse.py", line 89, in <module>
                          if params['rank_tec'] == 'lda': lda_res,lda_res_th = test_lda_r(cls,feats,class_sl,params['n_boots'],params['f_boots'],params['lda_abs_th'],0.0000000001,params['nlogs'])
                          File "/export/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/george-weingart/lefse/a6284ef17bf3/lefse/lefse.py", line 189, in test_lda_r
                          z = robjects.r('z <- suppressWarnings(lda(as.formula('+f+'),data=sub_d,tol='+str(tol_min)+'))')
                          File "/galaxy_venv/local/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/__init__.py", line 358, in __call__
                          p = _rparse(text=StrSexpVector((string,)))
                          rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in (function (file = "", n = NULL, text = NULL, prompt = "?", keep.source = getOption("keep.source"), :
                          <text>:1:373: unexpected input
                          1: s + Erythrobacter + Aeromicrobium + Renibacterium + Anaerosalibacter + Parvibaculum + Lachnospiraceae_NC2004_group + Finegoldia + Phascolarctobacterium + Ancylobacter + uncultured_bacterium_f_
                          ^


                          30楼2020-05-27 23:27
                          回复

                            楼主这种怎么解决,方便解答一下吗


                            31楼2020-06-27 13:29
                            收起回复
                              2025-10-13 05:09:16
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                              Traceback (most recent call last): File "/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/george-weingart/lefse/a6284ef17bf3/lefse/format_input.py", line 435, in <module> feats = numerical_values(feats,params['norm_v']) File "/shed_tools/testtoolshed
                              楼主能帮我看看是什么问题吗?谢谢


                              IP属地:广东32楼2020-07-22 15:32
                              收起回复