R2两年后，名为弑神之剑的神秘教团突然出现，同一时间大量原黑色骑士团成员被暗杀，红月卡莲身受重伤昏迷不醒，修奈泽鲁的Geass被解除为夺得王位开始秘密集结军队。 
娜娜莉也遭到行刺，但刺客被ZORE（朱雀）杀死，另人惊奇的是刺客的真面目竟是一个十六七岁的少年，之后被抬走的刺客尸体竟消失了。 
世界各地战争再起，娜娜莉在梦中多次梦见一个黑发少女。 
杰里米亚启动Geass能力消除器，娜娜莉所中的另一个Geass被解除。 
原来鲁路修和娜娜莉还有一个姐姐，第十六皇女莉露娜•V•不列颠在娜娜莉5岁时因心肌不全去世，出于某种原因，关于第十六皇女的存在被全部抹去。 
真相揭晓，第十六皇女在十二年前与Code拥有者定下契约获得可以将自己的意识附于他人身上的Geass，获得Geass后不久病危，得到其契约者一半的Code，为保住性命没暂时封印在神根岛。 
不久前封印被解除，和契约者一起成立弑神之剑教团，目的是使用阿卡夏之剑完成玛丽安娜的愿望。 
行刺娜娜莉的人和解除修奈泽鲁的人都是她的契约者，暗杀原黑色骑士团成员的也是她的命令。 
就在所有人都无法阻止第十六皇女准备启动阿卡夏之剑之时出现在所有人面前的竟然是已经死去是鲁路修和失踪了两年的C.C．．．．．．