哀用自己的生命为代价找到了APTX4869的解毒药制作方法，并制作了唯一一颗药丸。 


就在等待药物完成的最后时间里，柯南突然倒在的地上。APTX4869的隐性后遗症终于发作了：柯南的脑组织和身体一样的退化了。当柯南睁开眼睛的时候，他已经变成了白痴。过去的事情完全不记得，智力更是如同婴儿。 


少年侦探团开始渐渐排斥柯南，最后连步美把他当成废物，连同情都没有了。柯南唯一会说的一句话就是：“我是侦探。”优作和美希子为了找到让柯南恢复的方法冒险闯入组织的基地，但却中计而死。 


一天兰在柯南的房间里发现了新一的手机等等柯南就是新一的完全证据。无法接受现实的兰选择了独自来到和新一一起去过的游乐场自杀。而柯南随后也在幼稚园里被组织的人杀死。 


杀手则是被组织洗脑之后的服部和快斗。