在这个世界，人类和神奇宝贝和谐相处，神奇宝贝在人类的生活中无处不在。在超市里，有着萌蠢萌蠢的小卡比兽和认真负责的利欧路为顾客服务；在建筑工地有着腕力、豪力、怪力、搬运小匠、铁骨土人、修建老匠等有着结实的肌肉，力量强大的神奇宝贝帮助建筑师完成工程；在发电厂，皮卡丘、电击怪、雷电球正在努力的使出他们的电系必杀技来供应城市的电量供应。除了帮助人们完成他们的工作，帮助他们更好的生活之外，人们还会举办神奇宝贝奔跑大赛，神奇宝贝华丽大会等等，当然最主要最刺激最好玩的还是神奇宝贝对战。神奇宝贝对战是真正的全民活动，无论是顽皮不懂事的小孩，已经工作的成年人，还是已经有了孩子的家长，甚至连老人都对神奇宝贝对战非常热爱。
在一家精致的别墅中，一个13,4岁，面容俊秀，穿着白色短袖蓝色外套黑色裤子的少年正在吃着早餐。她的母亲正在帮他收拾行李，旁边懂事可爱的长尾怪手正趴在少年母亲的肩上吱吖吱吖的叫着，仿佛很不舍的样子。终于少年的母亲收拾好了行李走到了少年面前。“小天，行李收拾好了，你出去旅行妈妈不反对，但是一定要注意自己的安全，冷的时候记得多穿，吃饭不要挑食，出去可不像家里......”少年的母亲有些不舍的说道。“知道了，妈妈，相信我，我自己可以照顾自己了，我已经长大了，别忘了，你儿子可是要成为神奇宝贝联盟冠军的人呢”名为林小天的少年说道。“要是太苦的话，你就回来，还要记得常联系家里，跟我报个平安。”小天的母亲嘱咐道。“知道啦，放心吧妈妈，长尾怪手我们出发了。”说着，林小天背着行李包，迈出了家门，长尾怪手快步的跳上了小天的肩上。
想要参加神奇宝贝联盟的前提条件是需要集齐18种属性的徽章。小天家的别墅在有着非常多草本植物，空气清新，环境优美的绿幽市的郊区，所以小天打算先去绿幽市挑战草系道馆。而且在不久前小天收到了神奇宝贝博士铁木博士的一封信，信上写着‘想要变强，成为神奇宝贝大师的话就去绿幽市的神奇宝贝研究生找我’。可是前往市区可不容易，需要通过栖息着很多草系神奇宝贝和虫系神奇宝贝的绿幽森林。
小天和长尾怪手渐渐走进了绿幽森林，在树上的波波在无忧无虑的叫着，还有着很多铁甲蛹和铁壳蛹在努力的吸收着空气的养分，仿佛下一刻它们就将破蛹而出。在小天安逸的观赏着这一切的时候，突然出现了一群大针蜂正冲向他，“难道是大针蜂们认为我要伤害铁壳蛹吗”，小天心惊道。“不过也好，让我们试试手吧，长尾怪手，虽然以前跟朋友们进行过对战，不过在外面实战可是第一次呢，准备上了，长尾怪手使出‘高速星星’。”长尾怪手挥动尾巴使出了高速星星成功命中了几只大针蜂。虽然命中了，可惜威力不足，并没有击退大针蜂们，反而更加激怒了它们。只见大针蜂们纷纷使出‘双针’，小天不慌不忙的道“长尾怪手‘影子分身’。”成功躲避了大针蜂们的攻击。长尾怪手一直使用着‘高速星星’来阻挡它们的前进。可是很快频繁使用‘高速星星’的长尾怪手的体力明显的不支了。‘在这样下去可就危险了。’小天心想道。就在这危急时刻，一道蓝色的身影突然出现，小天定睛一看，仿佛是一只神奇宝贝。只见蓝色身影的双手在做着运气的动作，逐渐的在它的手中出现了一个淡蓝色的球体，然后朝着大针蜂们扔去。由于之前一直受到高速星星的伤害，当它们被这招‘水波动’击中时终于没有继续战斗的体力，看到它们狼狈的背影。小天终于松了一口气，当他转头想要感谢这位见义勇为的神奇宝贝时，居然已经找不到它的踪影了。“哎，还想着要好好感谢一下它的，没想到就这样走了，算了，有缘的我们一定会再见的。”“对不对，长尾怪手。”小天扭头对着长尾怪手说道。长尾怪手“吱呀吱呀”的说着，“没事的，你也一定会变强的，我也是，我们要一起努力。”小天听懂了长尾怪手有些泄气埋怨自己不够强的意思后说道。
小天和长尾怪手继续前进着，到了傍晚的时候终于走出了绿幽森林。来到了115号公路，在路边有一个年纪跟小天差不多的小胖子正在捕捉着一只小小象。“哇，你的神奇宝贝是火爆猴吗，看上去好强啊。”小天好奇的问道。“别吵呀，没看到我在捕捉这只小小象吗。”小胖子有些不满的说道。“哦哦，不好意思，不过看上去你的火爆猴好强啊。”“当然了我的火爆猴可是以前拿过拳击赛冠军的呢，既然你怎么有眼光，就让你见识见识我的火爆猴的实力好了。”小胖子自豪的说道。“火爆猴‘巴投’”小胖子指挥着火爆猴。火爆猴朝着小小象冲了过去，在贴近它的时候，双臂抱起小小象往着斜上方扔去。小小象重重的摔在了地上，不过立刻倔强的爬了起来使出了‘滚动’。小小象卷成了一个球，滚动着撞向了火爆猴。“火爆猴用‘赌命’”小胖子继续指挥道。火爆猴一动不动的承受了小小象的‘滚动’，虽然受到了点伤害，但是火爆猴看上去斗志高亢了起来。“是时候给它最后一击了，火爆猴先使用‘愤怒’，接着使出‘巴投’”小胖子激动的说道。火爆猴得到指令后，使出了‘愤怒’只见它的眼睛变红，肌肉都变大了一些。并且立刻冲向小小象继续使用了‘巴投’。这次的‘巴投’威力果然非同凡响，只一击就把小小象打到昏迷状态了。“就是现在，去吧，神奇宝贝球。”看到小小象失去战斗能力之后小胖子立刻扔出了神奇宝贝球。神奇宝贝球抖了3下之后停下了。“太好了，我收服了小小象了。”小胖子有些激动的说道。“你的火爆猴确实好强，我叫林小天，你叫什么名字啊。”小天问道。“那当然了，说了它可是冠军呢，刚刚的就是它的必杀三连哟。我叫小福，很高兴认识你。”小胖子答道。“小福，你是绿幽市的人吗，可以带我神奇宝贝研究所吗。”“我不是绿幽市的人，不过巧了，我也要去神奇宝贝研究所，既然顺路，我就好心的当你的向导好了，虽然我不是这里的人，不过我已经来了几天了。对绿幽市也算比较熟悉了，我也可以带你去些好玩的地方。”小天感谢的说道：“真是太感谢你了。”“小事，那我们走吧。”说着小福得意满满的走在了前面。
走了10几分钟终于到了绿幽市，小天虽然住在绿幽市的郊区，但是却从来没有到过市区，第一眼看到绿幽市就被各种各样的树木所吸引，几乎每2,3个建筑物之间就会有一种植物。“绿幽市好漂亮啊。”小天说道。“是啊，我刚到这里的时候也被这里的风景吸引了呢，现在我先带你去绿幽市最好的花店去看看吧。哪里不仅有着各种草本植物，更有着一些稀有的草系神奇宝贝呢。”“啊，居然卖神奇宝贝吗？”小天惊讶的说道。“不是啊，总之你到了就知道了，可是很有趣的。”小福补充道。过了一会儿，小天和小福到了绿幽花店。刚到门口就看到店内挤满了人。“这里人气好高啊，这么多人。”小天说道。“那可不，不过大多数都是为了那只风精灵来的。”小福道。“风精灵？”小天问道。“对啊，那是一种很稀有的神奇宝贝，而且像它的名字一样像风中的精灵一般，它们的足迹无迹可寻。”小福向往的说道。“那是什么。”小天看到了店门外的一块牌子说道。“这就是那个能获得风精灵的活动，只要购买超过100元的商品便可以得到一次抽奖机会，一等奖一位奖品就是那只风精灵，二等奖三位奖品是毽子草，还有三等奖有五位奖品是喇叭芽。”小福解释道。“那我们也去试试运气吧”“恩”说着小天和小福走进了花店中。看着前面一个个的抽完，却没有一个抽到风精灵的。终于轮到了小福。“看我的。”小福说着伸手抽了一个纸条，打开后还是什么都没有。小天紧接着也抽了一个，也是一无所获。“哎，这个活动是骗人的吧，哪里有什么一等奖啊，二等奖也就见过一次。”小天有些怀疑的说道。“我估计也是，这个花店肯定会为了搞促销，故意弄个活动唬人的，我们还是快去神奇宝贝研究所吧。”小福也疑惑的说道。
突然在后面的一位梳着长长的辫子，面容姣好的少女说道：“喂，你们挡着本小姐抽奖了，还不让开。”小天和小福这才意识到挡住了后面的人抽奖，急忙说着不好意思的走开了。本来打算就这样走了，没想到后面发出了一阵阵尖叫。小天和小福回头一看，居然是刚刚的那个少女抽到风精灵了。少女也是非常开心得向着小天他们走过来得意的说道：“看到没有，本小姐天才无敌的运气。”小天和小福一阵的无语，真是人比人气死人啊。“哇，你的运气真好，我们都怀疑没有一等奖呢，居然被你抽到了。”小天有些羡慕的说道。“哼，刚刚听到你们说要去神奇宝贝研究所，本小姐也要去那，就勉为其难的跟你们一起吧。”少女说道。“好吧，那大小姐带路？”小福迎合道。“走吧”少女说道。说着小天和小福就跟着少女一起走出了花店，朝着神奇宝贝研究所走去。