肛周脓肿的手术主要是解决两个问题，一是切开脓腔引流，一是切开内口阻断感染来源。如果只切开脓腔，那么脓肿会演变成肛瘘，将来需要再次手术，这是目前临床普遍采取的方法。两次手术的理论依据是，脓肿期内口不显，术中无法对内口进行准确定位，先引流，等数月后肛瘘形成，内口明显再行根治术。
　　笔者在临床中对这两种方法经过长期比较研究，认为90％以上的肛周脓肿患者可以一次手术根治，一次手术的优点有：
　　1、一次手术可以根治。以往认为肛周脓肿没有内口，或找不到内口，前者是认识错误，后者是经验不够。肛周脓肿一旦形成就会有内口，只不过肛周脓肿的内口不显，所以不能像肛瘘那样去找。肛周脓肿的内口定位方法有很多，不在此赘述，将另文介绍。所以可以一次手术来根治。
　　2、一次手术损伤轻。脓肿期瘢痕没有形成，早期手术也避免了在肛瘘形成过程种反复感染瘢痕加重。另外本身一次手术的创伤也比两次轻。
　　3、一次手术痛苦小、疗程短。二次手术又增加了一次手术痛苦，脓肿引流后在形成肛瘘过程中会反复感染，痛苦持续时间长，通常要３月至半年。
　　4、一次手术节约时间节省了医疗费。时间节约80％，医疗费节约70％。
　　5、早期采取根治术避免简单脓肿演变成复杂肛瘘，是病情加重，增加手术创伤和难度。
　　6、脓肿形成肛瘘后，反复感染往往造成瘢痕粘连，瘘管不通，导致手术不易准确定位瘘管和内口，使复发率升高。