上一季末，Peter在Hiro的帮助下毁掉病毒，Hiro将Adam送回过去，一切看似恢复太平...然而，Niki为救Monica消失在爆炸的火光当中，Nathan也在记者会上中弹生死未卜,一波未平，另一边Sylar已借Claire的血液重获新生，更加黑暗的旅程才刚刚开始...
S3将分两部分呈现给观众---Villains恶人(1-13集)和Fugitives逃亡者(14-25集),英雄们将面临抉择，究竟是谁走向了邪恶? Level 5是个什么地方? 人们口中的恶人们又是何人?哪些人沦为了逃亡者--是恶人们四处逃窜还是曾经的英雄只能落得亡命天涯的下场...