第二季09提供了太多线索，让我一下子猜到了所有设定
第一集说人类已经太平了100年，早已忘记了面对巨人的恐惧。100年前大概是这样的，人类遭到巨人的攻击，人口锐减，然后有人发现了变成巨人的血清（可以遗传），就像艾连的父亲那样。剩下的人类都可以变身成为巨人，大多数50米巨人连成一排变成了城墙保护剩下的人类。发明血清的一帮人变成了最高权力机构，并为了权力隐藏起巨人的秘密。100年之后人类已经忘记了如何控制巨人的力量。（艾连起初如果没有非常强烈的保护欲望，也无法变身成为巨人），到第三次变身才能开始控制巨人身体，慢慢熟悉巨人的力量。
于是100年之后，最高权力机构有了绝对的统治力，开始滥用权力，第2集的时候有写到因为粮食不够，送一批人出去喂巨人。权力机构内部有人反对滥用权力，着手计划毁灭这个权力系统。大猩猩就是这个反对的权力者，召集起一批高层志同道合的人和权力机构对着干。但是干不过，于是跑到墙外建立自己的家园。也就是钢铁巨人所说的家园。钢铁巨人，50米巨人和女巨人的能力不可能是新兵，是大猩猩安插在新兵团去招募更多的热爱和平的人手，然后跟最高权力机构对着干。然后钢铁巨人找到了艾连，起初女巨人也是为了带走艾连，但是失败了。
钢铁巨人说到了升官，这个升官指的是新家园里新建立的权力系统里的官位，又很懊悔杀害了很多无辜的无知百姓。
后期，了解真相的艾连最后会加入新家园（他一直找不到父亲，他老爸已经加入了新家园里的高层），他老爸之所以一开始没有带走艾连，因为知道新家园发起的政变很可能会失败，最后全部死掉，因为现有权力机构内部有很多像大猩猩那样强大的敌人。艾连加入之后，三笠也会加入并且巨人的力量会得到觉醒。
最后的结局就是两大权力机构对杠。
以上是我所有的猜测，之所以会这么想，因为东京喰种也是这种设定，一开始以为要保护人类，之后发现喰种才是要被灭绝的弱势群体，然后主角加入了看似敌对阵营。