反渗透膜进行化学清洗的频率可以说跟预处理系统的完善程度是紧密相关的，预处理越完善，反渗透膜系统要进行化学清洗的频率也就越不频繁，所以精处理的反渗透膜系统能否得到最大程度的利用，预处理系统的工作就万万不能马虎了。
在预处理系统准备完善的前提下，什么时候需要进行反渗透膜系统的化学清洗呢。一般膜清洗遵循“10%法则” ── 当校正过的淡水流量与最初200H运行（压紧发生之后）的流量相比，降低了10%和（或）观察到压差上升了10%-20%就需进行清洗。尽可能在脱盐率下降显示出来以前采取措施。正规安排的保护性维护清洗不足以保护反渗透系统。例如，由于预处理设备运行不正常，进水条件在短时间内就会发生变化,所以，在设备初次投入使用时，应安排专员详细记录各项技术参数指标，并仔细比对各项参数指标，防范于未然。　　反冲洗对于大颗粒物质造成的反渗透膜堵塞是有效的。但不是所有的污染都可通过简单的反冲洗就能清除掉，必要时要有进行有规律的化学清洗。化学清洗除需增加药剂和人工费用外，还有污染问题，所以也不可过于频繁，每月不应超过1-2次，每次清洗时间约1-2h。
化学清洗系统通常包括一台化学混合箱和与之相配的泵、混合器、加热器等。化学清洗常是根据运行经验来决定（可以根据每列设备压降读数与运行时间的关系曲线，或是依据产水量、淡水水质和膜的压降等）。
化学清洗所用的药剂和方法，需根据污染源来决定。为了保证效果，在化学清洗前要进行冲洗。冲洗前先降压，再用2-3倍正常流速的水冲洗膜，靠流体的搅动作用将污物从膜面剥离并冲走。然后针对污染特征，选择清洗液对膜进行化学清洗。为了保护反渗透膜件，液温最好不超过35℃。
系统若停用5天以上，最好用甲醛冲洗后再投用。如果系统停用两周或更长一些时间，需用0.25%甲醛浸泡，以防微生物在膜中生长。化学药剂最后每周更换一次。
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