1、排便不尽感：肛管中富含很多神经纤维，同时还有较多的神经节，形成一附属的感觉器官。所以，在肛窦炎初期，病人常常会有排便不尽感，伴有肛门异物感和下坠感等。
2、瘙痒：肛窦炎引起的肛门部瘙痒，虽不像肛门瘙痒症那样具有典型性，但却很难于用手挠止痒。这种瘙痒是因为炎症性渗出物对肛门周围的刺激而引发的，肛窦炎患者肛周通常比正常人要潮湿。
3、反射性疼痛：肛窦炎很容易出现反射样疼痛，可通过阴部内神经和第三、四骶神经向尿生殖器部反射，通过髂腹下神经和肛尾神经向骶骨和尾骨反射，或通过坐骨神经向下肢反射。通常患者会因为它而引起一些不好的消化道症状，如消化不良、矢气多或便秘等