后来，拜耳沃金斯的学者来到了墓穴。他们发现古神可以帮助人类进化。
学者的领导人威廉大师一直在研究如何将飞升到更高位面，他认为可以通过研究古神的文明获得答案。
而威廉大师的一个伙伴，劳伦斯，认为从墓穴中发现的古神血液是人类进化的关键。杀死神职者怪兽后的动画显示，威廉大师与劳伦斯意见不同，但无法阻止劳伦斯的离去，于是在后者临走时嘱咐说:"Fear old blood”，敬畏古神之血。显然，劳伦斯听到却没有听取，之后他一直在使用古神之血以求进化。这种血液在他的开发下可以治愈任何疾病。有了这种强大的治愈剂，劳伦斯在雅南附近成立了治愈教会。世界各地的人为治病来投奔教会（主角就是其中之一），教会速强大起来。教会设有血源管理会，身穿白袍，就是游戏中那身白衣服，负责给人民群众输血治病。教会的大本营在雅南附近。

治愈教会有三个下属分支。
很多人接受了神血后，开始兽化。这涉及到教会的第一个下属机构：猎人，由格曼主持工作，他身穿猎人袍，一手火枪一手近战武器，猎杀兽化的人类，保护雅南和教会。这套武功成为了猎人的标配。猎人似乎没能阻止旧雅南的悲剧。旧的猎人工坊也被遗弃。老猎人格曼被教堂冷落。
第二个是唱诗班。负责继续拜耳沃金斯的研究，即通过灵视与古神交流。最后他们联系到了一个古诗没有飞升的古神，就是宇宙之女。
第三就是曼西斯学院，负责对古神血进行研究，头领叫尼格斯。曼西斯的势力主要集中在未见之村亚哈格尔。曼西斯学院在亚哈格尔用血祭召唤古神，就是那个尸体组成的BOSS。

尼格斯有一段古神脐带。脐带有什么作用呢？可以把它看成是一个可以与古神接触的神器。另外还有两段脐带，一段在威廉大师手中，另一段在老猎人格曼手里。脐带的获得方法就是杀死新出生的古神。
尼格斯怎么用的脐带呢？他用脐带举行了一个仪式，以曼西斯学院的人的生命为代价构造了一个梦境。在梦中，他们可与古神梅高交流。梅高就是穿婚纱的女子、Pthumerian女王所生的古神。梅高在游戏中没有现真身，只能看到一个婴儿车，然后奶妈就跳出来了。但游戏中曾经有一个纸条写着：“必须阻止曼西斯的仪式，不然我们都会变成野兽”。整个血月就是由尼格斯的仪式造成的。召唤尸体古神的方法，可能是他从梅高那里学到的。与唱诗班用灵视联系古神的方法不同，曼西斯学院用血召唤古神。
威廉大师怎么用的脐带呢？威廉大师前面的湖里有蜘蛛罗姆，他用脐带和蜘蛛罗姆掩盖住了尼格斯仪式的效果。所以在罗姆死后才出现血月，这是曼西斯仪式生效的表现。这时才可以直接进入未见之村亚哈格尔，并找到梅高。
格曼怎么个的脐带呢？在猎人组织扩大后，教会遗弃了格曼，老猎人在人偶的陪伴下孤独地活着。他通过脐带召唤了月神，一个没有飞升的古神。月神制造了猎人梦境。格曼以为月神召集并培训猎人为人生意义继续活着，变成了月神的人偶。

此次猎杀在杀死梅高后结束，显示猎杀的目的就是月神创造的杀死另一幼龄古神的活动。在目标完成后猎人梦境被点燃。
之后结局大家都知道了：
一是接受格曼的提议，他在梦境中杀死主角，表明血之契约的终结，主角和梦境脱离关系。这里一个推断是：尼格斯死时喊了一句：“我要醒了，我会忘记一切的。”而主角从梦里醒来，可能也会忘记猎杀之夜。
二是拒绝格曼的提议，杀死格曼，然后月神降临，将主角变为下一个梦境看守人。猜想月神的目的是让主角继续招揽猎人为他猎杀其他可能存在的古神。
三是用掉至少三个脐带。每个脐带的标准叫法都是“三分之一个脐带”，吃完就有一整根了，有了一整根，月神控制不了你，就可以猎杀月神。成功猎杀之后主角变成了古神的幼儿体。继续推断，梦境没有消失，说明主角称为了新的月神维持梦境。这可能是神发现的除了借用人体子宫之外另一种繁衍的办法。

总结故事的整体架构：三个大佬：威廉、尼格斯、格曼获得了三个古神脐带，其中两个用脐带互掐，第三个大佬格曼用脐带成功联系到月神，月神的目的则是让格曼找人去杀尼格斯召唤出的古神。猎杀进行了很多次。碰巧赶上这届召唤的是主角，主角出色的完成了任务，并在一个结局中，把月神给取代了。

太长没看完 看到飞升那段不理解 哪里有资料显示飞升了

我个人感觉dlc是解开学院的关键，一开始我以为学院并不研究血疗，但是从dlc来看学院一开始就是研究克斯的血液。当时拜伦维斯并没有分裂，学院得知小渔村有着邪神崇拜，我怀疑渔民是自愿崇拜克斯，论据就是洛夫克拉夫特的小说。学院派猎人格曼一行屠村抓神，可惜克斯已经死了，于是他们取回来克斯的血液，至于孤儿是否取回我不知道，取回血液之后开始利用病患培育克斯寄生虫，寄生虫可以使人大脑变成明树种子，在明树花园种下以期培育古神，但是失败了。后来这部分研究被圣诗班继承，他们通过人体手术已经可以制造出大头娃娃这一类眷族，但是大头娃娃不知道怎么让他们感觉这是无勇的进化，于是他们放弃了血疗又开始重视拜伦维斯的戒言，终于发现取得联系，找来了宇宙之女。

至于一开始为什么要输液，我个人怀疑是猎人感染了一种和克斯不同的寄生虫，害虫。教会本想用血液治疗，但是无意发现了克斯的寄生虫。

然后。主角才是反派。