求助一道字符串的题

DNA序列中有4种碱基A,T,C,G.其中A与T能配对，C与G能配对。现在给你一串用字符串表示的DNA序列，求其中一个最长的子串，能与所给的序列配对，求最长子串的长度。
例：GATAT，可以找到最长的子串ATA。
GATAT.
ATA.
子串能与原序列配对。
字符串长度是5000，用dp会超时。
听说要用后缀数组做，但今天运动过度，思路不是很清晰，一直卡着这题心里面又很不爽，故特此来求教。