大家一直都猜测组织老大是阿笠博士或者毛利小五郎，但是，你们是否想过，像是他们两个对柯南有过无数次帮助的人怎么可能是BOSS呢？别不相信，真正的BOSS其实是少年侦探团！
大家有没有想过，黑衣组织如此神通广大，却始终未能发现新一变小后的身份，这未免太说不过去了吧！真正的原因就在于少年侦探团——这组织的高端领导人所伪装的三个小孩子，其实是在密切地监视柯南的一举一动！要问证据？最明显的一个就是黑衣组织的人从没有和少年侦探团同时出现过，这就像是柯南和新一从没同时出现过一样。
事实上，我估计元太就是伏特加，他们的皮肤和体型严丝合缝。这么说来，光彦也有可能是Gin。至于布美，虽然我不知道她应该是谁，但是她最可疑了，一个柔弱的女孩子，成天和男孩子泡在一起，诡异。
估计是这样，新一缩小后，黑衣组织很快发现aptx的药效，他们派出3名高级官员服下aptx，伪装到柯南身边，同时还和阿笠博士套近乎，以便日后利用。至于柯南，由于少年侦探团的成员都是组织的高官，演技远胜新一，伪装成小孩子完全不露痕迹