选战开始时,前省长宋楚瑜一直保有领先优势。然而1999年12月,国民党籍立委杨吉雄揭发“兴票案”攻击宋楚瑜涉及金钱丑闻,导致宋楚瑜声势下跌。在选举最后关头,时任中央研究院院长的诺贝尔化学奖得主李远哲以“台湾未来是向上提升还是向下沉沦?”之说公开支持陈水扁为陈抬拉选情。此后宋陈民调互有领先,而国民党候选人连战选情一直不振,直到选举投票前时任台北市长马英九召开新闻发布会称连的民调已超过宋,号召选民“弃宋保连”。最后宋楚瑜以4664932票不到3%的差距饮恨败北,而连战最终只获得2925513票,23.1%的得票率,是国民党历次选举中的最差战绩(截止2016年)。
