崇祯中，初诏会推阁员。礼部尚书温体仁资序最深，顾与沈一贯同乡里，为一贯死党，主张时局。式耜建议，斥不与会推列。体仁结周延儒，通宫禁，既得要领，上疏自讼，因讦礼部侍郎钱谦益浙闱暧昧事，为不当与枚卜，而部科党之。上召赴平台面诘。式耜抗言：“浙闱举钱千秋卷弊，狱已久定，事坐分考，显与谦益无涉。体仁愠不得与枚卜，罗织自荐，猾而无耻，古今无与为比。即甚乱国，未有以争而得相者，况陛下励精之始政乎！”上不怿，然未有以折也。会户科给事中郝土膏大声疾言，失奏对体。上遂震怒，械式耜、土膏及都给事中章允儒，下法司，皆削职。体仁遂入阁。式耜既罢，归里，筑室虞山下，曰东皋，莳花药，读书其中。体仁怒不解，阴遣人至苏，募无赖子张从儒，诬式耜与谦益结为死友，侵国帑，谤朝廷，危社稷。击登闻鼓，疏达上。下所司按问。江南巡抚张国维檄苏、松、镇三府会讯。镇江知府印司奇力持诬状。国维以上闻。体仁固欲重陷式耜死，调严旨切责，司奇坐镌级。从儒得志骄横，造款曹和温之说，扇惑徒党。曹者，权阉曹化淳；温者，体仁也。语腾辇下，化淳怒，体仁亦沮丧。刑部尚书郑三俊奏雪之。从儒伏辜死。事既解，而温、周相继秉权，式耜卒闲住。

　　清兵从平乐来攻。焦琏方扈送驾，自全州旋未至，守御单脆。敌骑驰薄桂林，入文昌门，式耜督兵巷战。会琏至，驰御之，斩数骑。敌乃退走阳朔。式耜独守孤城者两月。已而楚督之师溃于长沙，郝永忠、卢鼎奔入桂林，式耜会户部尚书严起恒安辑之，令守大榕江。遣焦琏东复平乐，守之。孔有德前部入严关，永忠惊走，桂林溃。永忠欲挟式耜去，式耜怒曰：“吾奉命守桂，桂，吾死土也。”独坐空城中，檄焦琏撤平乐归守。清兵虚抵桂，扣北门入。式耜奉赐剑，督琏巷战，斩数十骑。清兵惊遁，驻北关外。式耜檄迎何腾蛟于柳州，腾蛟以胡一青、赵印选之兵至，会蹑清兵于北关，三战三胜，退入全州。式耜遣琏北会腾蛟，攻复全州。腾蛟以是复下湖南，皆式耜力也。 
　　时上播迁柳、象，陈邦傅迎居南宁。邦傅挟上骄横，式耜累檄之下梧州，不应。乃遣焦琏自平乐略地梧州。会李成栋反正，梧州平，粤西大定。成栋遣其将杜永和迎上东巡。式耜表遣给事中蒙正发、编修蔡之俊、评事朱盛迎上返跸桂林，言：“东粤已定，出梅岭者唯成栋一军，请诏而下，无烦上自往。今日大势在楚，楚师不下三十余万，镇将四十余营，号令莫一，易成疑沮，非天子弹压，则进无寸功，而退有百患。上诚莫如幸桂林，为出楚计，北图岳、鄂，东援南昌，西收荆、澧，事犹可为，若远即海ㄛ，而举江、楚大计一委之腾蛟，腾蛟虽忠略有余，而孤注之忧，不能不为之虑也。”疏入，上犹豫间。内阁王化澄、朱天麟贪成栋馈问，因中涓说慈圣太后，谓东粤安而西粤危，且以收新附者之心。上遂下肇庆。居半载，楚将果惊猜内讧，腾蛟死，湖南复陷。楚兵溃入桂林，式耜奉命兼督楚师，随宜安插饷饣军，固守楚塞。奏用侍郎张同敞总督诸军，给事中吴其雷监理之。与清兵相持于东安、零陵之间，大小数十战，互相前却。

　　孔有德猝犯小榕江，诸将不战而走。式耜驰皇令，召诸将城守，无应者。式耜乃沐浴易衣，坐署中。通山王蕴钅子驰入告曰：“先生受命督师，全军未亏，公且驰入柳，为恢复计，社稷存亡，系公去留，不可缓也。”式耜不应。蕴钅子涕泣，曳其袖，固请上马。式耜从容应曰：“殿下好去，幸自爱！留守，吾初命也。吾此心安者死耳，逃死而以卷土为之辞，他人能之，我固不能也。”俄而张同敞至，问曰：“先生意何为？”式耜曰：“死耳！”同敞曰：“我知先生之必死，故不死于阵而就先生。”因呼酒与同敞饮。式耜素不能胜一蕉叶，是夕，连数大白，神采愈清澈，与同敞分韵唱和，悲吟彻旦。次日，被执，见孔有德，谈笑请速死。有德令王三元、彭而述劝降，式耜笑不应。而述称说繁重，式耜乃举袖掩双耳。有德知不可屈，乃加害于桂林市中。桂林二十年不见雪矣，是日，雪霰大作，雷电交击，式耜与同敞先后唱和绝命诗十余章，人间颇有传者。

　　吴江杨艺，医土也，客式耜所。至是，潜拾式耜、同敞骸葬之桂林城北。�