1、洗脑实验（重中之重）：
这是本作中世界线变动前后（区分AB线）的最重要线索。在椎名篝这个角色的带动下，将线索转移给了主角团，并且让观众们知道。
首先说下A,B线上STRATFO所做的洗脑实验的不同。

在A线上，椎名篝在未来（大概2030年）被教授洗脑，从而打乱了铃羽在2000年解决千年虫的计划，并且篝在2000年逃亡之后，找到教授，接受身体训练，整容成由纪，潜入秋叶原。在篝的认知中，洗脑之后会听到“神的声音”。
有一点需要注意，这里的篝是在未来被洗脑的，回到2000年之后，并没有接受STRATFO的实验，只是接受了身体训练。
在B线上，教授死于2011年，椎名篝在未来绝对没有被洗脑。所以在B线上，回到过去的篝和主角团以真面目相遇了。然而此时的篝仍然是被洗脑的状态，因为她失踪的这些年，接受了STRATFO 的实验。实验内容为洗脑、或者记忆移植。
这条线上的STRATFO对于洗脑的完善程度明显不如A线。从BE可知，真帆的洗脑是很难被抗拒的，虽然是2011年，洗脑并没有发展完全，但其已经具有了相当强大的控制能力。而在Amadeus助手结局中（B线），篝是听到了歌声才被洗脑跑出去的，所以这种洗脑的控制能力明显不足。当然也有可能是STRATFO当时仅仅将篝当做了一个普通的实验对象，没有让她去做他们计划内的任务。

总结一下：A线STRATFO洗脑强大，可以完全控制一个人。这条线上篝小时候已经被洗脑了。B线STRATFO洗脑较弱，只有特殊歌声才能控制人。这条线上篝小时候还未被洗脑，失踪后才被洗的脑。

2、amadeus的发展和破解（非常重要）
在石头门0里面，amadeus几乎贯穿全部主线，重要性人人皆知。在A线中，三战爆发的导火索就是amadeus被STRATFO破解并散发情报。那么STRATFO对Amadeus究竟研究如何呢？
A线：STRATFO对于amadeus的研究已经登峰造极。
从游戏剧情可知，不论是be线（1.143688β）还是嘟嘟噜线（1.129954β），七夕节三战爆发的重要原因就是STRATFO彻底破解amadeus。因此在A线的未来，教授是主角团的最重大的敌人。
B线：STRATFO对于amadeus的研究非常片面。
个人认为，在1.064756的B线共通线上，STRATFO对于amadeus的研究依然很深，但苦于冈部没有将世界线的情报的线索透露，STRATFO并未对amadeus产生破解的想法。
之后的发展就出乎教授的预料了。对手来的太快，sern的行动直接将amadeus抢走，世界线直接变化，变化之后的α世界线上，助手的一条d-mail就彻底改变了STRATFO的研究。Amadeus计划直接被中止，导致STRATFO将实验重点转移至记忆移植。
最后的1.081163线上（真帆线，助手线），STRATFO避过了sern抢amadeus的灾难，却受到了女教授暴走的灾难，女石膏霸气外露，一人挑翻整个STRATFO，不论是抢走了amadeus助手的原型机（真帆线），还是抢走了助手记忆的使用权（助手线），STRATFO全员都是悲剧。

总结：A线STRATFO强大，将amadeus完全破解。B线由于世界线变化，STRATFO优势不再，被悉数灾难彻底摧毁。

之后就是关于1.081163β助手线。真帆线不谈，记忆移植并没有出现。助手线的移植则充分说明了amadeus企划这半年研究的成果。记忆移植已经可以做到完全覆盖，当时如果篝被移植了助手的记忆，篝就会只剩下助手的记忆。更直接的证据是女教授被空的记忆包覆盖了，直接就变植物人了。
此种说法更加能够解释原作中的tl机与0作中的tl机的区别。

至于1.064756（篝失忆）和1.064750（篝结局），记忆移植的实验没有被进行。前者的原因是STRATFO对于amadeus的研究较为彻底，没有必要实施记忆移植的实验。后者则是因为世界线的收束，STRATFO很有可能没有对篝进行试验，转而对其他实验者实验。
之前的帖子说过了， 篝结局就是一个彻底的循环。世界线完全收束的0。

总结：关于记忆移植，在A线与剧情无关。B线中，由于STRATFO对于amadeus理解较浅薄，1.054369β的记忆移植研究不完全，导致未能彻底覆盖。1.081163β的记忆移植技术非常完全，但不需要进行实验（amadeus计划没有中止），反而是女教授拿来使用的。其他的线记忆移植影响不大。

以上就是STRATFO的实验内容，除此之外，STRATFO在剧情中的最大作用，就是贩卖时间机器的情报，造成了三战的爆发了。
Over
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既然STRATFO都说了，那我顺带着说说DURPA吧。这个在STRATFO内部埋下了内应的美军组织在每条线上究竟干了啥？
A线上，STRATFO的彻底胜利，因为新型脑炎的存在，STRATFO的破解进度快上很多，DURPA来不及获利就被教授玩弄了。这条线上女教授做内应做的不称职啊，差不多就是跟教授亲亲我我之类的，反正DURPA没从STRATFO手中获得什么价值。从结果来看，两个组织从头到脚的蜜月期，都是共同行动的，就不多谈了。
B线上比较复杂，有四条世界线：
1.064750（B共通线）：得知STRATFO把amadeus弄丢了（被sern抢夺），袭击lab为了抢篝，用以移植记忆（篝是最佳样本）。
1.053649（中转线）：与STRATFO互为盟友，一起研究记忆移植和洗脑（STRATFO势弱，被美军随意玩弄）。
1.081163（真帆/助手结局）：与STRATFO撕逼，自己抢了amadeus。（不管是让这个amadeus干嘛）
1.064756（篝结局）：与STRATFO互为盟友，一起研究记忆移植和洗脑。与lab没啥接触。
B线的STRATFO的确惨，反正STRATFO一旦对DURPA没用了，或者STRATFO发现了他们的内应谈崩了，STRATFO就雪崩。