以我个人的看法下，物理学科未来可以完全囊括化学，目前化学独立的理由:
1、作为“学问，学科”这个概念的历史来源不同，物理的前身叫做自然哲学，而化学前身是炼金术。这实际上不算什么特别硬的理由
2、化学有很强的应用性，很多实用的材料，技术，都可以用化学手段以极低的成本制作出来，靠物理的话，家用型粒子对撞机什么年代可以开发？出来？
3、手法不同，也是题目所说的的关键点，物理探究原理，由理论猜测“因”，由“因”“演绎”，得出“果”，最后进行“实验(为了验证理论诞生的结果是否正确)”证实。
而化学由现实中已经客观存在的“果”，进行“试验(不知道会发生什么结果)”，逆推得到“因”(元素分子)。
两者研究的是同一个事物(自然物质，当然物理不之研究物质本身)，但是手法不同。
【关键是】因为人类对自然认知的局限，两种手法在理论上存在断层，比如物理以某种理论“因”，得出的果并未被发现(有大量物理概念与物质在被实验证实发现前就被理论预测了，如电磁波，中子，电子，还有仍然未被发现证实的黑洞虫洞等等)
而化学的手法正好相反，一个通过试验得到的化学反应，已经得出另外一个物质“果”，以物理说就是电子的排列产生的变化，但是具体的变化过程又如何“实验”及“观测”呢？
物理和化学是对同一事物的不同手法上的研究，未来研究突破了人类目前的认知，突破了那个“断层”，那这两个学科的独立还是否会继续呢？