鄭氏來台後,陸續將許多荷蘭的制度換成漢人的體制,在統治範圍內開始設立學校、開辦科舉,除了軍屯開墾外,有說因明鄭向大陸招募漢人來台開墾,也有說因清朝海禁,沿海居民不願內遷,因而來台開墾生活。而後清朝用施琅為將,終結明鄭政權,開始長期的消極留台,僅僅是為防他國占領,不鼓勵開發(不准築城、不准大陸人民來台、不准台人當兵),但大陸閩粵人口過多、糧食不足,移民只好偷渡來台。沒有適當的政策、沒有足夠的資源,名義上清朝「治理」的212年,不被重視的灣灣發生70多次民變;對於漢人或租或侵及屢屢越界與不屬清朝治理的原住民發生土地資源等等衝突,也無能遏止。直到19世紀,列強要求台灣開港、顯露對此地的覬覦,清朝才慢慢開始留意建設,雖說如此,但不時人離政息,不能持久。但與列強的通商貿易活絡台灣的經濟,糖、茶和樟腦為灣灣賺進不少外匯;國外的傳教士則帶來西方的醫療和教育。之後不到30年光景,一紙馬關條約讓灣灣成為了阿本的殖民地。

