肛瘘不同于身体其它部位的感染，由于发生在肛门直肠附近，在肛门或直肠腔内有一固定感染来源，即内口。同时病灶位于肛门括约肌内，括约肌的舒张和收缩会影响脓液的排出。因此说：肛瘘一旦发生，不论轻重，就没有自愈的可能。药物治疗也只会减轻症状，临床只有通过手术治疗才能达到治愈目的。肛瘘手术的目的是切开瘘管，清除内口，彻底消除感染来源，使瘘管引流通畅。让新生的肉芽组织由创底向上生长，逐渐填平创口。