1.1采样原则主要是样品新鲜、有代表性。尽量避免在发病后期采样。在不能确定发某种病的情况下，病料的选择要全面。如果从死亡动物尸体上采集样本要注意死亡时间：夏天应少于6h，冬天最长不能超过24h。
1.2减少污染，做尸体剖检时，应将尸体浸泡在消毒液中，防止羽毛、皮屑飞扬对病料造成污染。
1.3尸体剖开腹腔时，应第一时间采集病料，因肠道和空气中的微生物都可能污染病料，难以确诊。
1.4无菌操作（尽量）：病料采集时，对采集病料的器械及容器必须提前消毒，以免对病料造成污染。
1.5采样、剖检完毕后对解剖场地及尸体要进行彻底消毒，不能造成二次散毒。
1.6病料采集后，应先存放于冰箱1-2小时后，再做微生物检验。
2 病料的采集方法
2.1组织和实质器官的采集
在选择样品采集部位时，最好采集病变和健康交界部位的组织或脏器。病料的采集必须采用无菌操作。剖开腹腔后，必须注意肠管的完整。如需进行细菌的分离培养，所采集的部位要保持其完整性，便于能够无菌分离。
2.2液体病料的采集
血液、胆汁、脓肿液、渗出物等液体病料，使用灭菌吸管或注射器，经烫烙部位吸取病变组织的液体，将病料注入灭菌的试管中，封口后送检。拭子的采集主要包括:
A：泄殖腔拭子（家禽）
B：拭子（家禽）
C：鼻拭子（家畜）
D：肛拭子（家畜）
E: 阴道拭子（家畜）
用无菌棉签伸入体腔内采集深部样品，进行细菌学、病毒学检测。
2.3血清的采集方法
A: 用灭菌注射器自鸡的心脏或翅静脉采血2毫升，注入灭菌离心管中摆成斜面，待血液凝固血清析出后，将血清吸出注入另一个灭菌离心管中，备用。
B:猪的静脉和动脉不容易接触到,血样采集有一定难度。临床上为保证采血速度和采血量，主要采用颈静脉和前腔静脉采血。针对不同大小的猪应采用较合适的采血方法：仔猪或保育猪采用前腔静脉采血，母猪和中大猪采取耳静脉或颈静脉采血。
2.4肠道及肠内容的采集方法
A:肠道：选择病变明显部位的肠道，将内容物用灭菌生理盐水冲洗干净，然后将病料放入盛有灭菌的30%甘油盐水缓冲液中送检。亦可将肠管切开，用灭菌生理盐水冲洗干净，然后用烧红的手术刀片烫烙粘膜表面，将接种针插入粘膜层，取少量病料接种于培养基上。
B:肠内容：用烧红的手术刀片烫烙肠道浆膜层，将接种针插入肠道内，吸取少量肠内容，放入试管中或将带有肠内容的肠道两端扎紧，去掉其它部分送检。
2.5皮肤及羽毛的采集
A:皮肤要选病变部位的边缘，采取少许放入灭菌试管中送检；
B:羽毛也要选病变明显部分，用灭菌的刀片刮取羽毛及根部的少许皮屑，放入灭菌的试管中送检；
C:孵化室的绒毛：用灭菌镊子采取出风口的绒毛3-5克，放入灭菌的试管中送检。
2.6其他类型检测样品的采集
① 水质样品的采集
A:取自来水时，先将水龙头用酒精灯火焰灭菌，然后将水龙头打开，任其自流5-10min（经常取水的水龙头放1-3min即可），再以灭菌试管或玻璃瓶取水备用；
B:取井水、池水、河水等地面水样时，须用特制的取水器，距水面10-375px深处取水；
C:取鸡舍/猪舍饮水器或水槽中的水样时，关闭水源，使水静置30min，用灭菌吸管吸取水样放入灭菌容器内备用。
② 饲料样品的采集
A:取样时应注意样品的代表性和避免采样时的污染。用灭菌金属勺以无菌操作采取有代表性的样品，放入灭菌的牛皮纸袋或广口瓶内，样品采集后尽快送检，否则放于低温干燥处；
B:饲料样品的采集，可根据饲料存放的多少，分层定点取样或分层随机采取不同点的样品，充分混合后，取500g送检。
③ 环境样品的采集
环境样品主要包括鸡舍/猪舍地面、墙壁、门窗、笼具、车辆、水槽、食槽拭子样品、舍内空气、土壤等；
A:舍内空气采样由实验室专业人员，将培养皿盖打开，水平放置于鸡舍/猪舍的5个布控采样点，根据污染情况，选择放置3-15min，然后盖盖低温冷藏保存或运输；
B:地面、墙壁、门窗、器械等拭子的采集，采用规板将其放置于被检物体表面，在装有4-5ml灭菌生理盐水（或PBS）的试管中浸湿灭菌棉试子，在试管壁上压挤掉多余盐水，然后在规板范围内滚动棉棒涂抹取样。剪去（或折去）棉棒手持端，使棉棒落入生理盐水（或PBS）内，密闭管口低温冷藏送检；
C:土壤样品采集，在土壤表层下1-50px处，用灭菌金属勺取土壤数克，放入密闭容器内低温冷藏送检。