黄菠萝木有广范的抗菌作用，对各型痢疾杆菌的抑制作用尤强。如对结核杆菌、钩端螺旋体有较强的抑制和杀灭作用；对多种真菌、滴虫有显著的抑制作用；还能明显减少金葡菌毒素的生成并促进白细胞对细菌的吞噬。
黄菠萝木所含的多种生物碱如小檗碱、黄柏碱、巴马亭、药根碱、木兰花碱均有降压作用。
黄菠萝木能促进胆汁和胰液分泌，促进胆红素排出。
黄菠萝木可用于治疗湿热泻痢、黄疸，黄檗易去除大肠湿热以治泻痢；还可治愈骨蒸劳热，盗汗，遗精症状，黄檗主入肾经可以退骨蒸，用来治疗阴虚火旺，潮热盗汗、腰酸遗精等症。
黄菠萝木中的黄柏碱能安心除劳，静神利眠。
黄菠萝木中的黄柏素可以吸收有害气体如甲醛，并将其分解。
