4000年前，世界被卷入了由邪恶的黑暗种族“迪赛安”所引发的古代战争。传说的勇者在圣地用生命与女神缔结下契约，（明明是契约……米托斯还把玛特露叫【姐姐】= =||||）将迪赛安封印，（游戏里……大叔化的米托斯说他就是迪赛安的最高首领啊！）古代战争迎来了终结，人们终于从苦难中得到解放。
4000年过去了明明理应被封印的迪赛安再次出现，让世界各地陷入了恐怖。迪赛安将人类绑架到建造在世界各地的名为“人类牧场”（就是人间牧场）的生命体实验设施中，并进行着各种令人发指的实验。由于迪赛安的恶行，世界的生命之源玛娜被逐渐榨取，世界渐渐呈现出衰亡的景象。在绝望之际，人们将最后的希望寄托于“神子”的出现。（准确的说应该是再生的神子，因为在柯蕾特之前也有很多神子，但都在世界再生之旅途中死去了）
故事从神喻之村（就是神托の村 イセリア）开始。某一天，少年罗伊德听说，神喻降临在了与自己青梅竹马的少女柯蕾特的身上。柯蕾特是掌握着让世界重生的关键的“玛娜一族”的后人，为了拯救由于渐渐失去玛娜而开始衰退的世界，作为“神子”的她决心踏上旅程，寻找让世界重生的方法。（就是世界再生之旅。不过在游戏的开始，罗伊德没有【听说】，在开始柯蕾特就是神子了。这就使OVA和游戏的区别吧XD）
在罗伊德等人的一路护卫下（游戏里柯蕾特也有战斗好不……），柯蕾特一行人根据天使（就是守护天使雷米尔，他利用了柯蕾特，骗大家说自己是柯蕾特的爸爸）的指引将各地的封印一一破除，向着传说中的“救赎之塔”而去。然而与迪赛安以及第三方势力等强敌的战斗中，罗伊德等人渐渐察觉到了这个使命背后的残酷真相。原来，要让这个世界重生的话，另一个世界就会走向衰亡。而且，随着一个个封印被解开，神子柯蕾特的肉体将渐渐变成“天使”（在游戏里，解开第一封引柯蕾特就变成天使了，只是不完全，但是学得了第1个天使术），不仅其过程痛苦无比，还会渐渐丧失身为人类的感情。
历史的命运一次次重复，一个世界繁荣，另一个世界就会衰亡。而为了令世界重生而甘愿牺牲的柯蕾特，不得不独自承受变成天使的痛苦。（小柯……你痛苦着……大家也痛苦着……因为，大家都是同伴！）面对这样残忍的选择，罗伊德一行人在往返于两个完全相反的世界之中，寻找着既能够将两个世界同时拯救，又能够拯救柯蕾特的方法……
