首先种子是在夏季联赛排名的基础上再结合冬季选拔的排名决定的
以排名换算的点数来计算
冠军3分
亚军2分
季军1分
殿军1分
在这里夏季联赛不分34名都记1分
实例

可以看到，2011年1号种子是来自九州，2号来自四国，3号来自东海，4号来自关东
然后再看去年的夏冬季比赛排名

统计下来九州1赛区有6分、九州2赛区有3分、四国1赛区2分、东海1赛区1分，关东1赛区1分
可以发现，是由
排名靠前的球队所在的赛区的点数总和决定该赛区取得种子席位，并由该赛区今年的预赛第一名担当，然后如果来自同一个赛区（比如九州1、2），那么只选点数高的那个，然后跳过再选仅次于它的下个赛区作为种子（所以九州2赛区没当选直接由四国赛区担当2号种子，后以此类推）