1992年4月25日,南少林遗址论证会暨重建莆田九莲山南少林寺新闻发布会在北京人民大会堂举行。1998年12月8日,九莲山南少林寺重建工程竣工,开始向海内外开放。
为了更好发展莆田南少林,2007年莆田南少林寺恢复宗教活动。 1986年,莆田市在西天尾镇北部层峦叠嶂中的九莲山麓发现一处古建筑遗址,以及五口建造于北宋年间的大型花岗岩石槽残碑、石柱等,学者们从石槽长226厘米、宽100厘米,槽旁刻有“诸罗汉浴煎茶散”字样,判断这是僧兵治疗伤病用的石槽,又从残碑、石柱上的“林泉院”、“寺山界”字样,最引人注目的是那口重达数千斤的宋代石槽,槽上刻有“当院僧兵永其佳其合共造石槽一口”,推测此遗址可能是南少林寺遗址。