曾经一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地,几百万年前,不知什么原因,他们离开地球去了某地,在南极只留下一个前哨站。军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地区的Goa'uld人的舰队之后,各国合作建立了南极联盟,为研究前哨站里的Ancient科技、促进国际合作与和平而共同努力。在研究过程中,他们发现了Ancient离开地球后所去的地方——飞马座星系。于是,为了发掘被埋没的历史、探索未知的世界,各国组建了亚特兰蒂斯探险团队,通过星际之门到达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城,从而揭开了传说中的亚特兰蒂斯之谜。但不幸的是,地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Warith(在电视剧中被称作“幽灵”),他们技术先进、体格健壮,性情粗野残暴,不讲信义,而且以人类为牲畜,吸人生命(有一个例外,在编者的印象中有一集中又使Sheppard中校返老还成年)。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球,而探险队也发现了一个惊人的事实:Warith是Ancient试验的产物!为了对抗强大的Warith,亚特兰蒂斯的小分队不得不探索飞马座星系诸星球,与飞马的原住民联系,试图找到抵御Warith的方法,经历了一次次险象环生的旅程。百万年前,在南极洲(还没有被冰层覆盖)坐落着古人的城市 Atlantis,可能是为了避开瘟疫的威胁,整个城市飞离了银河系,到达了飞马座(Pegasus)。后来 SG-1 找到了他们留下的前哨站,O'Neill 使用古人的武器摧毁了 Anubis 的舰队(SG-1, 7.22, Lost City)。现在 Daniel 终于找到了第 8 个地址,利用前哨站的 ZPM 为星门提供能源(长途拨号消耗比较大),由 Dr.Elizabeth Weir 率领的由十多个国家的队员组成的探险队顺利抵达了 Atlantis。不幸的是,如神话所说他们发现整个城市沉没在海底,靠一个力场阻挡海水的入侵。同时获悉,古人在飞马座传播了文明,也建立了星门网络,但后来在毫无防备的情况下分享者影视,遭受到了一个强大且数量众多的种族(Wraith,幽灵)的攻击。大部分古人又撤回了地球(另一部分学会了升天),然后他们把这个空荡荡的城市沉没到了海底。 虽然没有足够的能源拨回地球,但是可以拨通飞马座的其他星球。 Sumner 上校带领 Sheppard 等人前往 Athos 星球希望能找到一个可供撤离的安全基地,在那里他们遇到了 Teyla Emmagan。Athos 人同样在遭受幽灵的威胁,幽灵把他们当成“饲养场”,每过几百年(等他们人口增加到一定程度)就会来抓走一些人。天亮之后 Sumner 上校在附近一个废弃的城市搜索,看是否能找到 ZPM,当地人从不走进这个城市,他们相信那样会引来幽灵。果不其然,天黑后(Athos 的白天很短暂)星门突然拨通,三艘幽灵战机穿过星门,开始捕捉地面上的人(通过一种类似光传送的技术把人吸走),同时制造幻象迷惑并包围 Sumner 等人。混战中一艘战机被火箭筒打中,但是另外两艘抓走了 Sumner 和 Teyla 并逃离了星门(遥控拨号,守在星门旁的 Ford 少尉记下了 DHD 上的号码)。Sheppard 带着其余的 Athos 人逃回 Atlantis(因为擅自行动被 Weir 训了一通),然而此时 Atlantis 的力场正在崩溃。 绝望之时,Atlantis 突然启动了某种保护装置,整个城市浮出了水面。