大规模使用肯定会有利于抗药性的出现的。
奎宁、青蒿素都有这种情况。
大规模使用等于是很强烈的自然选择过程，当然会加快变异的被筛选。

中药某种意义上是“鸡尾酒疗法”，若干种物质一起吃下去，对这种情况病菌要产生特异抗药性当然没那么容易。
对应的缺点就是“说不清”。成分复杂，那么毒副作用、疗效、用量都很难标准化，说不清道不明。比如人参里面已知的可能有效的成分就已经有几十种，这种排列组合根本就是天文数字。

楼上的搞清楚自然选择的概念没有？

我在学校的时候，听我的中药学老师说过一个事情，他在整理古代病案的时候发现一个现象：经常使用的中药是会变化的，大约每隔一百年，常用中药就会被大量更换一次，所以他怀疑是病菌对中药产生了抗药性导致的 。不过他也说了，这还只是猜想，还需要进一步研究才知道是否正确。

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自然选择的两个基本概念：
第一，随机突变，特性遗传；
第二 ，过度繁殖，环境选择，适者生存；
简单来说就是，生物的性状是通过突变随机获得的，本身不存在哪些是进化哪些是退化的区别；外部环境的不同产生选择压力，导致不适应环境的变异被抑制，适应环境的变异才有更大的几率遗传下来；不管这种压力是温度、湿度还是抗生素或某种草药，机制都是一样的。
所以如果中药对细菌的生存产生了不利影响，也就是有效，那么细菌就必定会产生抗药性；如果没有抗药性，就表示中药对细菌没有影响或者影响微弱可以忽略不计；
你们两个的观点刚好搞反了@madaogintama，@liquad