测试中的一个技术难题

最近在学做白盒测试，是一个程序界面的自动化测试，就是从测试脚本里依次调用被测程序的各个函数模拟程序的实际运行流程，然后插入几个检查点判断返回是否正确。我发现一个问题，我用测试脚本启动程序后执行源码中的一个函数，这个函数会弹出一个对话框，然后主线程就阻塞了，测试脚本无法操作弹出的对话框，如果把测试脚本和要测的程序分在两个线程里测试脚本就无法取得源函数的返回值，这种情况应该怎么处理呢？还是说我的思路有问题？求各位大神解答