用飞空术回到常磐市，发现道馆已经可以进去了，馆主就是火箭队的坂木，他使用的精灵为LV45尼多王+LV45达克来伊（恶梦神）+LV44尼多后+LV42鲶鱼王+LV45隆隆岩+LV50铁甲暴龙，再和他对话他会消失，然后在他脚下用寻宝机器可以得到调整背心。

这下8个徽章都集齐了，可以去挑战精灵联盟了，从常磐市往左走去精灵联盟，但是路上还会遇到小夏，击败她后继续往左走。（走下面的水路可以避开她）通过8道检查徽章的大门后来到了冠军之路。利用怪力术把石头推开，穿过冠军之路然后就到了精灵联盟的大门。进去回复一下，补充好道具然后去挑战4大天王和冠军吧。这里有mega石卖。

第三个是天王小茂，所用精灵为：LV54胡地+LV58巨钳螳螂+LV56铁甲暴龙+LV54怪力+LV53风速狗。最后一个天王小智，他使用的精灵为：LV56皮卡丘+LV60喷火龙+LV54卡比兽+LV54妙蛙花+LV58水箭龟。战胜他后得知小夏已经先主角一步击败了四大天王，成为了冠军。

最后一战，对战冠军小夏，她使用的精灵为：LV59烈箭隼+LV59风速狗+LV63水箭龟+LV57胡地+LV59铁甲暴龙+LV61亡灵树。选择的初始精灵不同，小夏使用的精灵也不一样，我选的初始精灵是小火龙，选其他的我就不懂了，不过精灵等级应该是相同的。击败小夏后，大木博士会进来带主角走进荣誉殿堂。在记录下通关的队伍后系统会自动保存一次。一周目结束。

一周目通关后读取存档就进入二周目，开始地点是自家门前。这时大木博士会跑过来询问图鉴收集情况，要是已捕捉的精灵达到了60种的话，他就会帮主角升级全国图鉴。如果还没达到的话，先去抓够60种再来找博士。升级图鉴。这之后再去精灵联盟，就会被告知天王小银有事出去了，暂时不能挑战四大天王了。

从枯叶市坐船来到一之岛，和岛上精灵中心里的阿锦对话，得知新系统的运行还需要一块红宝石。从光辉之路一直往上来到灯火山，发现两个火箭队队员在讲，过去打败他们就可以进入山洞。

走进山洞发现有两条岔路，走下面那条就会发现LV50火焰鸟，走上面那条然后又看见两条岔路，上面那条可以回到山洞的入口处，下面那条可以找到红宝石和LV70闪光古拉顿。

回到一之岛精灵中心把红宝石给阿锦，他会再拜托主角寻找蓝宝石，并且给了主角彩虹通行证，同时地图也更新了。之后就可以在七岛间畅行无阻了。然后可以去二之岛抓炎帝了（也可以不去，不影响剧情），不过要打败小美，小美使用的精灵为：LV63圈圈熊+LV63顿甲+LV65电龙+LV62塔布奈+LV70炎帝+LV65刺龙王。主角的妈妈在小美旁边，回复体力再去抓LV50闪光炎帝。

登上瀑布后来到洞穴深处，发现天王小银和火箭队。帮助小银击败火箭队小兵后，他们会说出下一个目标五之岛的火箭队仓库。然后往上冲浪就发现LV50闪光拉帝欧斯（蓝水都）。

于是来到五之岛，往右走来到空地。击败几个火箭队小兵后看见了火箭队的仓库，但是没有密码进不去。往仓库左边有一只神兽LV50水君，使用冲浪术过去可以抓得。

从五之岛精灵中心左边向上冲浪，再往左走有一个小岛。岛上的老爷爷会给主角一个精灵蛋，当然要队伍里有空位才行。（有时候不得）然后继续向上冲浪就来到高级度假村。

高级度假村往右走到头是不归之穴，洞口有小光挡着，打败他后就可以进入不归之穴。在最深处遇见一个女孩，和她对战斗后将她送回家。之后再和她说话她会要求看一个精灵，满足她的要求的话就会得到道具奖励。

再次来到五之岛的火箭队仓库，有了密码这下可以进去了。在仓库右上角打败两个火箭队干部后，来到一个叫9号七岛的地方，然后遇见火箭队的萨奇，他使用的精灵为：LV70宝石海星+LV70暴蝾螈+LV70恶灵娃娃+LV70达克莱伊（恶梦神）+LV75胡巴+LV80灭世魔龙（攻击高，防御高，很难打，建议用灭亡之歌）然后找到了之前抢蓝宝石的人，将他击败后能拿回蓝宝石。

然后从右边的海滩向下冲浪，来到回忆之塔，在回忆之塔的左下角发现一块特殊的地板，踩上去就来到梦之城。这里的草丛里和水里都是LV50的精灵。然后进入塔里就能抓到神兽LV70超梦（它身上带有大师球）然后可以做船回枯叶，也可以用飞空术回到岛上。

把月之石给超梦用可以进化成超梦X，（去月见山抓几只精灵，身上高几率携带月之石）用mega石可以进化成超梦Y。