总局下辖5个地方局：东南、西南、西北、东北、中原
东南局：江苏、上海、福建、浙江、广东、广西、台港澳、海南
西南局：云南、贵州、重庆、四川、西藏、湖北、湖南
西北局：甘肃、新疆、青海、宁夏
东北局：内蒙、辽宁、黑龙江、吉林
中原局：河北、河南、陕西、山西、山东、北京、天津
总局及各地方局均按下列架构编制业务处：
六个业务处
一处：负责有关国家安全、军事战略方面异能事务
内部编制不详，根据各方面资料研判拥有一支强大的专职战斗部队，绰号龙牙。
二处：负责有关涉外（外国、外星）异能事务
下辖：一科负责亚洲，二科负责欧洲，三科负责北美及北极，四科负责南美洲、澳洲、南极，五科负责非洲，六科负责外星及异位面。
三处：负责处理有组织异能犯罪事务
下辖：七科负责扫黑，八科负责反毒品，九科负责反偷渡、人口贩卖，十科负责反军火贩卖。
四处：负责处理异能刑事犯罪事务
下辖：十一科负责异能暴力伤害犯罪，十二科负责异能盗窃、抢劫犯罪，十三科负责异能性犯罪
五处：负责处理异能经济犯罪事务
下辖：十四科负责商业异能欺诈犯罪，十五科负责商业异能投机犯罪（根据国际异能公约，利用异能参与、操纵社会经济投机市场是犯罪行为，包括股票、期货、汇率等等方面）
十六科负责异能走私犯罪。
六处：负责处理异能科技及情报事务
下辖：异能规划建设中心：负责规划建设全国各地法阵、风水建筑物等事务。
异能装备研究生产中心：下辖法器研究室、科学机械研究室。
异能情报搜集分析中心。
仅总局编有后勤支撑各部门，包括四个后勤处分别为
总务处：负责内务、警卫、保密、风纪、保健医疗、其他部门不负责之一切事务。
战略发展处：负责研究异能界发展态势，提出发展规划、战略部署之建议。
人事处：负责招收、培训、考核等方面工作。下辖培训考试中心及档案资料室
财务处：负责总体预算编制、会计、出纳等方面事务。
各分局仅编有总务处，下设人事室、财务室、内务室对口相应后勤支撑工作。