太田亮在《姓氏家系大辞典》中提出长宗我部氏是苏我氏的部曲——宗我部氏的后裔，由于居住在土佐国的长冈郡内，所以称为长宗我部。这一说法也为海音寺潮五郎在其名作《武将列传》中《长宗我部元亲》中所吸收，海音寺将其与长宗我部氏的“秦氏说”糅合在一起，海音寺观点的大体内容是：上古的大族苏我氏与在文化上具有特殊才干的秦氏关系密切，秦氏也得赖苏我氏的庇护和支配而发展，后来秦河胜的子孙成为了苏我氏在土佐地方的首领，居住在长冈的一支就以长宗我部为苗字，而居住在香美郡的一支则以香宗我部为苗字。

要说到长宗我部氏的“秦氏说”就必须先简略说明一下秦氏，秦氏是所谓秦始皇的子孙弓月君远渡日本流传下的一支，是日本古代所谓“归化人”中最有力的氏族，其分布以畿内为中心，东至关东常陆、下野，西至北九州的筑紫一带，遍布各处，一族繁衍发展很是繁荣。《三代实录》中“元庆七年十二月二十五日”条中记载，秦宿弥永原等男女十九人被赐予惟宗做为姓氏，永原等自称是秦始皇十二氏孙功满王和其子融通王的后代。《史料集览》中的《长宗我部谱》中提出长曾我部氏的始祖最早是在伊势桑名登陆日本，在桑名居住了一段时间之后迁移至土佐国本山乡。

一般日本史学界比较认可的说法是秦始皇的十二世孙功满王和其子融通王在仲哀朝、应神朝之时归化，普洞王在仁德天皇之时受赐波多姓，至推古天皇之时秦河胜受领山城国葛野郡，其后河胜的后裔移居至信浓国更级郡小谷乡，当地的稻荷山治田神社就是这支秦氏祭祀之处，就这样一直以更级郡小谷乡为本处定居繁衍直至平安末年。其后秦能俊在承久之乱时举族迁往了土佐国长冈郡宗部乡。宗部乡位于物部川和国分川的下游的香长平野，自古就是土佐国的先进地带，古代的国府也设立在此。其西南面的江村乡，东南面的筱原乡、大曾乡也是天然的富庶之地，这样的自然条件对于宗我部氏的发展有着重要的影响。根据《南海通记》中记载，能俊在迁移至宗部乡后即以曾我部为姓，治承四年（1180），源希义在土佐举兵呼应源赖朝，宗我部氏跟从着香美郡的豪族夜须行宗响应希义。——希义是赖朝之弟，在平治之乱之后被流放至土佐国介良庄。最后希义受到平家的攻击而败死。

虽然诸说纷纭，而且多有抵牾，但是可以肯定是长宗我部氏是在镰仓时代之际由信浓迁移至土佐而成为当地的地头豪族的。
土佐国的宗我部氏共有两支：一支就是本文的主角长宗我部氏，另一支则是香宗我部氏。两支虽然都以宗我部为苗字但是，两支源出却是截然不同。香宗我部氏的氏源是清和源氏义光流一条氏流，义光的三代孙、甲斐武田氏的始祖武田信义之子次郎忠赖以一条为苗字，忠赖之子秋通则又改苗字为中原。其后因为勋功受任香美郡宗我部乡和深渊乡的地头，于建久四年（1193）从甲斐迁移过来，遂以香美郡香宗城为主城，定居土佐。后改苗字为宗我部，又为了区分长冈郡的那支宗我部氏而改称香宗我部氏，而其家纹却一直沿用了象征着武田一族的割菱。

二.细川氏配下：室町时期的长宗我部氏
由于史料的欠缺，镰仓时期长宗我部氏的动向一直不甚明了，本来对于当时来说无足轻重的小势力没有留下什么记录是很正常的。从系图来看，这一时期长宗我部家分出了江村、久礼田、广井、中岛、野田、大黑、上村、中野等支流，以上诸分家在元亲时代大都成为了有力的给人众（对于中世武士阶层的一种称呼），是长宗我部家实力的重要组成部分。随着庶流的不断产生、流出，本家的长宗我部家的势力也不断的向周边扩张。也是在这一时期，长宗我部家的势力中心逐渐由宗部乡扩展至江村乡、廿枝乡一带，其本处也从宗部乡移至西面的江村乡，并在江村乡冈丰山筑城，此后冈丰城就一直作为长宗我部家的居城直至土佐改易。

从南北朝时代开始，长宗我部氏就一直从属于足利方的细川氏，从在地土豪成为了细川家属下武士。信能本人就在细川显氏和定禅的指挥下与南朝军作战，并且因为战功得到了大埇、吉原地头一职和朝仓领家、深渊乡、介良庄盐田等地的赐予。此后细川氏以阿波、讃岐为根据地展开对土佐国的领国化进程，康历年间细川一族中的赖益任土佐国守护代，在田村庄设立居城，此后细川对土佐一国统治了四代之久。

而长宗我部家则一直臣属于细川氏，康永二年（1343）信能之子兼能担任了吸江庵寺奉行一职。——吸江庵于文保二年（1318）创立，立于浦户湾东岸的五台山南麓，从关系上一直是受到足利家和细川家的保护的。吸江庵寺奉行是长宗我部家担任的最主要的职务，具体的职责根据《吸江寺文书》来看，主要是负责仲裁境内的争论、监督寺院的营造、祠堂钱的收管（为死者祈求冥福而以修理祠堂为名义向寺院进献的金钱，在室町时代，寺院往往以此为本金放贷，收取利息）。

在担任了此职之后，长宗我部家实际上是以细川家代理人的身份在土佐活动的。不过长宗我部家的发展也不是一帆风顺的，根据《土佐国编年事略》中的记载，贞治六年（1367）兼能之子兼纲遭到了削去朝仓领家和深渊半乡的处分，具体原因不明。至德三年（1386）十四代当主能重在长冈郡坂折山建立了隐溪寺定光庵。在应仁文明之乱到来之际，长宗我部家在十六代当主文兼这一代时，家中发生了内乱。文明三年（1471）文兼的长子元门因为了“违背主上和父亲之命”的罪名被追放，家中因继承问题陷入了混乱，最后由文兼之弟雄亲继承了家业。