第二集中，人族战斗机和MU族人型巨大机器人DOLEM在相互交战，RahXephon孵化成功，绫人坐上RahXephon，按照正常的思维，MU族的DOLEM对于同为mu族的兵器RahXephon，应该是非常高兴，但是动画却出现了DOLEM不去攻击人族战斗机，反而攻击RahXephon这样的奇特现象，最后导致自身被杀，而RahXephon带着绫人离开了东京。
第二，绫人在东京里面应该知道DOLEM是东京防卫者，为什么出来后反而对DOLEM痛下杀手？
总之看到这些不合理的，让人有种非常郁闷的感觉。